利用VBA查找核酸数据库DNA保守序列

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1、10.3969/j.issn.1672-5565.2011.04.08利用VBA查找核酸数据库DNA保守序列詹少华1尹艺林1蔡永萍2樊洪泓2林毅21.皖西学院生物与制药工程学院,六安2370122.安徽农业大学生命科学学院,合肥230036摘要:采用VBA编写了查找核酸数据库保守序列的四个相关程序,“导入DNA序列”程序可以将Fasta格式的DNA序列文本文件存放到ExcelSheetl的A列中,保留每个序列的Gi号,删除多余的注释部分;“整理DNA序列”程序可以将DNA序列Gi号存放到A列中,B列为对应Gi号的完整序列;“DNA随机序列”程序可

2、以产生DNA随机序列;“发现DNA保守序列”程序可以将随机序列与下载的DNA序列比对,查找每一种随机序列的出现频率。以大豆基因组序列为实例,说明了这些程序的应用方法。该程序弥补了流行序列比对软件的不足,为PCR设计引物、分析基因功能以及种质资源鉴定等方面提供新的工具。VBA;序列比对;保守序列;核酸数据库;大豆Q518.2A1672-5565(2011)-04-299-04SearchingconservativesequencesinnuclearaciddatabasebyVBAprogramsZHANShao-HuaYINYi-linCAI

3、Yong-PingFANHong-HongLINYi2010-01-062010-05-30安徽高校省级自然科学研究重点项目资助(KJ2008A089).詹少华,男,教授,博士,研究方向:生物信息学与分子育种,E-mail:zhansh@wxc.edu.cn.林毅,教授,博士生导师,E-mail:linyiahau@126.com.Subsorting()出现总数近@@[1]SmithT.F,WatermanM.S.,FitchW.M.Comparativebiosequencemetrics[J].J.MolecularEvolution,19

4、81,18:38-46.@@[2]JulieDThompson,DesmondGHiggins,TobyJGibson.CLUSTALW:imprrovingthesensitivityofprogressivemultiplesequencealignmentthroughsequenceweighting,position-specificgappenaltiesandweightmatrixchoice[J].NucleicAcidsResearch,1994,22(22):4673-4680.@@[3]AltschulS.F,Gapcos

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8、sichelix-loop-helixproteins[J].GenomeBiology,nomicsresource[J].Nucle

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