如何确定引物浓度-pmol为单位的引物转换为

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1、如何确定引物浓度一般合成的寡聚体DNA（OligoDNA）均以OD260来单位来表示的。所谓OD260值是指在1ml体积1cm光径标准比色杯中，260nm波长下吸光度为1A260的寡聚体DNA溶液被定义为1OD260。因此，根据此定义，1OD260单位相当于33ug的寡聚体DNA，从而可根据寡聚体DNA的OD260值及其自身分子量来计算得到摩尔数，以计算不同浓度的溶液。1.寡聚体DNA分子量（MW）的精确算法：一般而言，寡聚体DNA的精确分子量可根据下述公式进行计算：MW＝（A碱基数×312）＋（C碱基数×288）＋（G碱基数×328）＋（T碱基

2、数×303）－61例：TGGGCGGCGGTTGGTGTTACGA=1C=3G=11T=6MW＝（1×312）＋（3×288）＋（11×328）＋（6×303）－61＝65412.寡聚体DNA分子量（MW）的粗略算法：由于寡聚体DNA中的每个脱氧核苷酸的平均分子量近似于324.5，因此，一条寡聚体DNA的分子量粗略算法为：MW＝碱基数bp×324.5粗略算法示例：1OD260的20-merOligoDNA，则分子量＝20×324.5＝6490质量数＝1×33＝33ug摩尔数＝33/6490＝0.005umol＝5nmol3.寡聚体DNA摩尔数的粗

3、略算法：即1个OD260值的X-merOligoDNA摩尔数计算公式为：Ynmol＝33ug÷（Xbp×324.5）核酸吸光度、分子量、摩尔浓度之间的相互换算光度计测量的转换:双链DNA(dsDNA)：A260=OD260=1相当于50µg/ml溶液单链DNA(ssDNA)：A260=OD260=1相当于33µg/ml溶液RNA：A260=OD260=1相当于40µg/ml溶液参考文献：Freifelder,D.,PhysicalBiochemistry:ApplicationstoBiochemistry&MolecularBiology,W.

4、H.FreemanandCompany,CA,1982,p.494-536.核酸分子量计算方程式：吸光度(A)＝摩尔消光系数×浓度×长度500bp的双链DNA＝325,000Daltons500nt*的单链DNA＝162,500Daltons*nt=nucleotidedNMP的平均分子量＝325Daltons寡聚体定量：20-mer，A260=1的贮存液含有5nmol寡聚体：5nmol=33µg/(20×325)40-mer，A260=1的贮存液含有5nmol寡聚体：2.5nmol=33µg/(40×325)pmol为单位的引物转换为µg为单位

5、的引物：（Xpmoles×长度bp×325）/1,000,000例：10pmoles的25-mer，则为（10pmol×25bp×325）/1,000,000=0.081µgprimerµg为单位的引物转换为pmol为单位的引物：（Xpmoles×1,000,000）/（长度bp×325）例：0.1µg的20-mer，则为（0.1µg×1,000,000）/（20bp×325）=15.4pmolesprimerPCR扩增反应引物浓度的计算：引物毫摩尔浓度（mM）=pmoles/µl例1：100µlPCR反应体系中有20pmol的引物=0.20mM

6、例2：引物为24bp，并溶解于0.1mlµlH2O中；10µl溶液稀释至1.0ml测定其A260为：A260=OD260=0.76；则贮存液在260nm（A260）的吸光度为76；0.1ml的贮存液含有7.6个单位的A260；引物碱基组成为：A=6,C=6,G=6,T=6；260nm引物的摩尔消光系数=a(16,000)+b(12,000)+c(7,000)+d(9,600)注：a、b、c、d分别是A's、G's、C's、T's的碱基个数；PCR引物的摩尔消光系数=6(16,000)+6(12,000)+6(7,000)+6(9,600)=267

7、,600则PCR引物贮存液的摩尔浓度为：76/267,600=284mM转速有离心力（×g）和每分钟转速（rpm)两种表示方式，有些离心机没有自动切换功能。下面的公式可以帮助解决这个问题：g=r×11.18×10-6×rpm2(式中r为有效离心半径，即从离心机轴心到离心管桶底的长度)如:转速为3000rpm，有效离心半径为10cm，则离心力为=10×11.18×10-6×30002=1006.2（×g）。