义-数据库检索-生物医学

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1、第四章数据库检索任间renjian@biocuckoo.orgTheCUCKOOWorkgroupNCBI数据资源Nucleotide:核酸序列数据库PubMed:生物医学科学文摘数据库GEO：基因表达谱数据库。收集存储微阵列基因表达数据Protein:蛋白质序列数据库SNP:单核苷酸多态性数据库Taxonomy:物种分类学数据库Gene:基因数据库。提供序列及基因描述信息Structure:大分子三维结构数据库3DDomains:特定功能域的三维结构数据库UniGene:GenBank分离的非冗余基因簇。包含已确定基因和EST。每个簇包含唯一的非冗余的基因序列、表达的

2、组织类型和基因图谱位点。UniSTS:序列标签位点数据库，用于作图位点PopSet:人口研究数据库Books:在线生物医学图书数据库OMIM:在线人类孟德尔遗传目录数据库ConservedDomains:保守结构域数据库CancerChromosomes:癌症染色体数据库Homologene:基因同源物数据库Journals:杂志及出版社信息数据库Genome:基因组数据库，提供完成的基因组/染色体图形GDS:GEO的基因表达实验与生物芯片数值结果数据库Entrez检索规则逻辑运算符（大写）：AND，OR，NOT运算过程由左至右，（）部分优先空格分隔默认逻辑关系为AND

3、多个单词短语加双引号模糊检索使用*用[]限定字段，如限定基因名称为ATG1的检索：ATG1[GENE]数据库使用实例序列数据查询实例某天，Prof.Gene发现人的Hela细胞中，有丝分裂期间有异常情况：细胞不再分裂，而是开始凋亡(表型，phenotype)，通过实验的方法(例如，酵母双杂交)，发现了与有丝分裂期间某个蛋白可能相互作用的一个基因，测序结果如下(genotype)：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGC

4、CGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCAT

5、CGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC问题一：这是哪个基因？NCBI:BLASTnucleotideblastMegablast:找基因序列输入序列提交序列NM_001168.2Geneinfo：基因信息BIRC5(survivin)Geneinfo:17号染色体功能注释：GeneOntology结论一1.该基因为人的BIRC5(survivin)基因，染色体定位：17号染色体，73721872-73733311；基因标识符：NM_001168.2;2.初步的功能分析：细胞周期，caspase酶的抑制因子，等等。问题二：编码的蛋白质序列是

6、怎样的？NM_001168.2获取蛋白质的序列信息NP_001159.2：142aa结论二人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2问题三：有没有保守的功能结构域(domain)？获取FASTA序列FASTA格式的序列findconserveddomains填入蛋白质的FASTA序列BIRdomain结论三Survivin具有保守的功能结构域BIR问题四：它的功能是怎样的？UniProt:蛋白质数据库在人中做BLAST搜索O15392BIRC5的蛋白质信息功能注释结论四：功能分析1.在瘤形成过程中可能起一定作用；2.阻碍G2/M期

7、的细胞编程性凋亡；3.Chromosomalpassengercomplex(CPC)的成员之一。细胞亚定位：胞质，核。……问题五：它在真核生物中保守吗？ExPASyBlast在酵母中进行序列比对酵母BIR1:P47134酵母BIR1的信息结论五：人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。问题六：有没有三级结构信息？PDB：三级结构数据库PDB的三级结构信息用Jmol显示三级结构PDB的三级结构信息Raswin:三级结构显示总结现在，Prof.Gene知道了：1.该基因为人的Survivin基因，染色体定位：17号染色体，737