核酸序列的基本分析

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1、核酸序列分析内容：1、污染序列的去除2、阅读框架（Openreadingframe,ORF）3、对分子量、碱基组成、碱基分布、序列转换4、酶切位点的识别和分析重点1.DNAM和PRIMER软件的使用一、污染序列的去除序列污染：指一个被检索序列（如测序的序列）含有一个外源序列因而无法反映其来源物种的真实遗传信息序列污染的来源1.载体（vecscreen）2.接头和PCR引物3.转座子和插入序列4.样品纯度不高基因序列载体序列引物引物如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，vecscreen如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，1

2、、通过align比对2、通过vecscreen操作1、通过align比对可找出扩增gfp的引物gfp720bp但突变的gfp762bp》GFP1ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTG

3、ACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTACAACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATG

4、GCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGTGAACTTCAAGATCCGCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCACCCAGTCCGCCCTGAGCAAAGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA》GFP2TAAA

5、GGGATCCATGGTGAGCAAGGGCGATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGC

6、ACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCATCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTACAACTACAACAGCCACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCTAAGTGAACTTCAAGATCCGCCACA

7、ACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACACCCCCATCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCACCCAGTCCGCCCTGAGCAAAGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCGGGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAACATCTCGGAATTCTCGCAC2、通过vecscreen操作找出下列序的载体序列GCTCCACCGCGGTGGCGG

8、CCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGGAGAGCGAAATGCTTGATGCTTTTTCTAGAGCTGTAGTTTCAGCAGATGCTAGCACTTCTACCGTATCTGATATTGCTGCTCTGAGAGCCTTTGTTGCTAGTG