建树分析方法

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1、在进行MrBayes分析前,先进行MODELTEST测试,需要nst=MrBayes:打开.nex文件,将文件开始部分的分类单元删去,注意文件中不要有中文.beginmrbayes;setautoclose=yes;outgroupAMB499;lsetnst=6rates=invgamma;mcmcngen=1000000samplefreq=100printfreq=100nchains=4savebrlens=yesstartingtree=random;sumpburnin=250；su

2、mtburnin=250；sumtfilename=TriB.nex.tcontype=allcompatburnin=2500;quit;end;MLoutgroupVrAMB499;setcriterion=likelihood;LsetBase=(0.34980.26130.1573)Nst=6Rmat=(2.749915.62472.7813)注：本行数据需要建Model计算出来。hsearchaddseq=randomnreps=10;savetreesfile=0718nj.trer

3、oot=yesbrlens=yes;END;2BootstrapTestoutgroupVrAMB499;bootstrapnreps=10search=heuristic/addseq=randomnreps=10end;[运算]savetreesfile=bootstrapMP.treroot=yesbrlens=yes;[保存结果]打开PAUP里的edit-editdisplaybuffer-saveas(保存类型：DOS/windowstestformat(.nex),文件名。。.txt

4、).结束MP首先，在paup软件里打开.Nex文件,执行后，挨个输入以下命令。1.TreeoutgroupVrAMB499;hsearchaddseq=randomnreps=1000;savetreesfile=X.tre;contreeall/file=Mpstrictcon.tre;pscoreall/CI=yesRI=yesRC=yes;2BootstrapTestbootstrapnreps=1000（ML树为10）search=heuristic/addseq=randomnreps

5、=10end;[运算]savetreesfile=bootstrapMP.treroot=yesbrlens=yes;[保存结果]打开PAUP里的edit-editdisplaybuffer-saveas(保存类型：DOS/windowstestformat(.nex),文件名。。.txt).结束3.Partition-Homogenetytest（片断同源性检验）beginpaup;outgroup??;charpartitiongenes=cytb:1-N,12S:N+1-M(碱基始末),1

6、6s:M+1-???;hompartpartition=genesnreps=1000search=heuristic/addseq=randomnreps=2;end;Modeltest打开paup,打开原始的nex文件,先定义外群.然后file打开examplefile中的modelblock3.score执行开始[executeFile.nex]——outgroupXXX;——[executeblock3.score]将examplefile里的刚生成的文件复制出来,进入E:(保存文件盘)

7、G:[enter]附件进入命令提示符CdDna数据分析软件modeltest[enter]MtFile.txt