蛋白质分析软件-ANTHEPROT上机指导

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1、ANTHEPROT介绍生物的化学，就是蛋白质与核酸的化学。对蛋白质的研究是生物化学领域一个非常重要的部分。近年来，通过实施基因组计划，得到了大量的蛋白序列数据，但是，面对如此众多的蛋白质序列数据，其分析工作是一个非常困难的工作。用人工的方法是不可能完成如此大量的分析工作的。运用计算机，利用一定的运算规则，进行蛋白序列分析是唯一的方法。蛋白序列分析软件包ANTHEPROT5.0正是这样的一个程序。蛋白序列分析软件包ANTHEPROT5.0是位于法国的蛋白质生物与化学研究院（InstituteofBiologyandChemistryofProte

2、ins）用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。软件包为一个自解压执行文件，文件名Anthe5_0.exe，大小为1.9兆。执行此文件，输入解压后存放的目录名，便可将所有文件解压在此目录下。主程序名为Anthewin，在桌面上建立它的快捷图标，双击快捷图标便打开了ANTHEPROT5.5主窗口。通过主程序，我们可以载入蛋白序列，对序列进行编辑、打印、拷贝、改变设定等操作，更重要的是，我们可以在此调用各种所需的分析工具，对蛋白序列进行分析。软件包为一个自解压执行文件，文件名Anthe5_

3、0.exe，大小为1.9兆。执行此文件，输入解压后存放的目录名，便可将所有文件解压在此目录下。主程序名为Anthewin，在桌面上建立它的快捷图标，双击快捷图标便打开了ANTHEPROT5.5主窗口。通过主程序，我们可以载入蛋白序列，对序列进行编辑、打印、拷贝、改变设定等操作，更重要的是，我们可以在此调用各种所需的分析工具，对蛋白序列进行分析。一．序列编辑功能可以使用按键或菜单中的File/Open命令打开各种序列文件，程序识别的文件类型包括：单序列文件格式：*.SEQ，（ANTHEPROT3.3支持以下格式的单序列文件：DNA/Stride

4、r格式、EMBL格式、NBRF格式、Pearson/Fasta格式、PIR格式与IG/Stanford格式);含有多个蛋白序列的蛋白数据库文件：*.BAS，(以Pearson/Fasta格式添加序列，上限为30条序列或32K文件大小);ClustalV或ClustalW文件：*.ALN含有ClustalW格式的多队列；含有多队列的Multalin4.1格式文件：*.MUL；一．序列编辑功能在Prosite蛋白数据库中查寻出Site结果的文件：*.SIT，蛋白质原子空间结构的PDB格式文件：*.PDB；使用IBCP（http://wwww.ibc

5、p.fr/predict.html）服务器预测蛋白二级结构所获得的结果文件格式：*.CNS；一．序列编辑功能序列可以从ANTHEPROT编辑窗口以键盘输入，或者以*.SEQ等文件格式载入，也可以从其它文件复制粘贴到编辑窗口。最简单的序列格式为Pearson/Fasta格式，为文本格式文件，带有>开始的为序列蛋白的名称，其后便是蛋白序列。下面为一个此格式的例子：>MBNVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLA

6、QSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG一．序列编辑功能输入或载入序列后，便同时打开了一个图像窗口，以彩图的形式显示出蛋白序列。不同的蛋白残基以不同的颜色表示。下面便是打开一个序列后的主程序窗口的例子：二．工具栏与基本功能当序列格式识别后，Methods菜单便被激活，相应的快捷按键也出现在工具栏中。打开文件按键；存储文件按键；打印按键；更改字体与格式按键更改设定颜色按键；进行蛋白序列二级结构预测在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列绘制出蛋白序列

7、的所有理化特性曲线在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列二．工具栏与基本功能当序列格式识别后，Methods菜单便被激活，相应的快捷按键也出现在工具栏中。计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成计算蛋白序列滴定曲线与等电点选定一个片段后，绘制HelicalWheel图进行点阵图（DotPlot）分析计算信号肽潜在的断裂位点打开一个简单的帮助文件退出程序三．基本分析工具介绍1.点阵图（DotPlot）DotPlot分析方法对以下分析工作非常有用：l在一条序列内查找重复序列；l在2条序列中不同位置查找类似片段；l在不同序列中查找同

8、源性。只有当程序载入一条序列时，才可以激活DotPlot程序，选择菜单命令DotPlot或单击按键，运行DotPlot程序，可再选择要进行比较的第二条