《EST聚类拼接》PPT课件

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1、EST聚类、常见问题及解决方案陈欢王庭璋曾晓维叶琳浙江大学沃森基因组科学研究院2006-5目标基因的分析及应用数据公布，形成文章cDNA文库的构建随机挑取克隆进行5’或3’端测序序列前处理聚类和拼接基因注释及功能分类文库检查！2021/9/72ESTcoursesatWIGS要点：为什么要聚类？如何聚类？PhrapCAP3TigrAssemblergap4结果分析常见问题及解决方案2021/9/73ESTcoursesatWIGS为什么要聚类？多个EST可能代表同一个转录产物组成更长、更高质量的序列减少冗余利于EST功能的识别区分不同的剪接产物基因的表达谱分析2021/9/74ESTc

2、oursesatWIGS聚类方法overlap-layout-consensusPhrap,CAP,StadenPackage,TigrAssembler,d2_cluster,etc.功能聚类其他2021/9/75ESTcoursesatWIGS聚类前处理载体检测污染检测低质量序列处理待聚类物种(组织)的高质量转录产物lesson.seq.screenlesson.seq.screen.qual(可选的)2021/9/76ESTcoursesatWIGSPhrap基于swat算法使用全序列质量信息全基因组、EST通常与Phred和consed联合应用http://www.phrap.

3、org/phredphrapconsed.html2021/9/77ESTcoursesatWIGSPhrap命令及参数phraplesson.seq.screen-minmatch20-minscore40-view-new_ace>phrap.out结果lesson.seq.screen.contigslesson.seq.screen.singletslesson.seq.screen.viewlesson.seq.screen.acephrap.out2021/9/78ESTcoursesatWIGSCAP3多用于EST序列http://genome.cs.mtu.edu/ca

4、p/cap3.html2021/9/79ESTcoursesatWIGSCAP3命令及参数cap3lesson.seq.screen–o21>cap3.out结果lesson.seq.screen.cap.contigslesson.seq.screen.cap.singletslesson.seq.screen.cap.ace2021/9/710ESTcoursesatWIGSStadenPackage测序项目管理的整合软件包组装、突变检测、序列分析、序列峰图及对reads文件操纵基因组、ESTUNIX/windowshttp://staden.sourceforge.net/202

5、1/9/711ESTcoursesatWIGSPregap4,Gap4Pregap4是gap4的前处理，在这里你可以处理原始的峰图文件，对序列进行载体和污染检查，同时也可以进行gap4组装。经pregap4处理所得到的结果，可以通过gap4来进行查看和编辑。2021/9/712ESTcoursesatWIGSPregap4,Gap4命令及参数Minimumexactmatch：14Maximumnumberofpads：25Maximumpercentagemismatch：5%Maximumconsensuslength：100000Maximumdatabasesize：8000结

6、果lesson.0.aux，lesson.0lesson.list.report2021/9/713ESTcoursesatWIGS其它软件D2_cluster(StackPACK)http://www.sanbi.ac.za/TigrAssemblerhttp://www.tigr.org/software/assembler/DNAStar:综合性序列工具软件，功能很广，名气很大.囊括分子生物学领域大多数内容.http://www.dnastar.com/2021/9/714ESTcoursesatWIGS结果分析Contigs+singletsContigs组成2021/9/71

7、5ESTcoursesatWIGS聚类问题错拼poly(A),Linker-to-linker,GeneFamilies,repeat漏拼Lowquality,Linker-to-linker,repeat选择性剪切polyAlinker2021/9/716ESTcoursesatWIGS解决方案ParametersESTs2ContigBlastn/BlastxsearchAssembleindividually2021/9/717ESTco