SAGEtech-上海华冠生物芯片有限公司

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1、SAGE技术在基因表达谱研究中的应用上海华冠生物芯片有限公司(国家人类基因组南方研究中心)上海华冠生物芯片有限公司ShanghaiHuaGuanBiochipCo.,Ltd.上海华冠生物芯片有限公司ShanghaiHuaGuanBiochipCo.,Ltd.CATGSAGETagAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTAverage256basepairsSAGE技术的理论基础首先，一段来自于任一转录本特定区域的“标签”(Tag)，即长度仅10～14bp的短核苷酸序列，就已包含了足够的信息以特异性地确定该转录本。例如：一个10碱基的序列能有410=1048

2、576种不同的排列组合，而人类基因组据估计仅编码80000种转录本，因此在理论上每一个10碱基标签就能够代表一种转录本的特征序列。将短片段两两随机配对，形成双标签体(Ditag)，在标签的种类、数量极大丰富的情况下，完全相同的双标签体出现的概率趋近于零。将这些双标签体相互连接、集中形成长的DNA分子，对其进行测序将能得到大量连续的单个标签，并能以连续的数据形式进行处理。这样就可对数以千计的mRNA转录本进行批量分析。而在数据处理时将重复出现的双标签体剔除，即可避免由于PCR反应的非均一化扩增而引入的数据偏差；同时，各转录本的表达水平也就可以用特定标签被测得的次数来进行精确定量了。CA

3、TGSAGETag3SAGETag4SAGETag1SAGETag2CATGSAGETag5SAGETag6SAGE技术的理论基础上海华冠生物芯片有限公司ShanghaiHuaGuanBiochipCo.,Ltd.CATG上海华冠生物芯片有限公司ShanghaiHuaGuanBiochipCo.,Ltd.CATGAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTGTACAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTT

4、TTCATGAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTCATGBSAGE技术的实验流程SAGE技术的实验流程AAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTCATGAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTTCATGBCATGABGTACCATGABGTACCATGGTACCATGSAGETag3SAGETag4SAGETag1SAGETag2CATGSAGETag5SAGETag6CATG上海华冠生物芯片有限公司ShanghaiHuaGuanBiochipCo.,Ltd.相关技术的比较方法EST法芯片/微阵列

5、法SAGE法通量较低可高可低高操作简便性简单易操作，但需大规模测序支持技术难度高，需专门点样、扫描等硬件设备支持技术难度高，需大规模测序支持可定量性不可定量可定量可定量灵敏度精确度较低较高高检测基因是否已知已知、未知均有，可用于发现新基因通常为检测已知基因已知、未知均有，可用于发现新基因上海华冠生物芯片有限公司ShanghaiHuaGuanBiochipCo.,Ltd.SAGE技术的应用正常细胞或组织基因表达谱研究疾病相关基因表达研究染色体表达图谱绘制基因功能研究药物作用机制的研究毒理学研究寻找新的基因上海华冠生物芯片有限公司ShanghaiHuaGuanBiochipCo.,Ltd

6、.SAGE技术的应用Owingtothelowlevelofexpression,thenoveltranscriptsaredifficulttoidentifyusingtheESTapproachbuttheyhavebeendetectedasnovelSAGEtagsusingthesensitiveSAGEtechnique.And65％ofthemarederivedfromnoveltranscripts.Certification:TheerrorrateforSAGEtagsis<2%pertag.Thesenoveltranscriptsarenotonlypr

7、esentinsomerarecelltypesbutalsoinmanycommontissues.Themajorityofgenesinthehumangenomeareexpressedatlowlevels.*Newopinion(bySanMingWang,2003)NumberofGenesLevelofExpressionEST技术检测水平SAGE技术检测水平上海华冠生物芯片有限公司ShanghaiHuaGuanBiochipCo.,Ltd