Bowtie2用法祥解

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1、Bowtie2用法祥解懒人必看对参考序列构建index$bowtie2-buildgenome.fastaindex尝试使用前10000个reads进行比对$bowtie2-u10000-p8-xindex-1reads1.fq-2reads2.fq-Sout.sam使用8个线程进行比对$bowtie2-p8-xindex-1reads1.fq-2reads2.fq-Sout.sam比对的sam结果中添加了readgroup信息$bowtie2-p8--rg-idsample01--rg"PL:ILLU

2、MINA"--rg"SM:sample01"-xindex-1reads1.fq-2reads2.fq-Sout.sam常用的参数进行比对，可以更改其中的参数获得更好的结果$bowtie2-q--phred33--sensitive--end-to-end-I0-X500--fr--ununpaired--alaligned--un-concunconc--al-concalconc-p6--reorder-x{-1

3、-U}-S[]用法：bowt

4、ie2[options]*-x{-1-2

5、-U}-S[]bowtie2-build用法bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。$bowtie2-build<要生存的索引文件前缀名>必须参数：-x由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先在当前目录搜寻，然后在环境变量BOWTIE2_INDEXES中制定的文件夹中搜寻。-1双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并

6、用逗号分开；多个文件必须和-2中制定的文件一一对应。比如:"-1flyA_1.fq,flyB_1.fq-2flyA_2.fq,flyB_2.fq".测序文件中的reads的长度可以不一样。-2双末端测寻对应的文件2.-U非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件，并用逗号分开。测序文件中的reads的长度可以不一样。-S所生成的SAM格式的文件前缀。默认是输入到标准输出。以下是可选参数：输入参数-q输入的文件为FASTQ格式文件，此项为默认值。-qseq输入的文件为QSEQ格

7、式文件。-f输入的文件为FASTA格式文件。选择此项时，表示--ignore-quals也被选择了。-r输入的文件中，每一行代表一条序列，没有序列名和测序质量等。选择此项时，表示--ignore-quals也被选择了。-c后直接为比对的reads序列，而不是包含序列的文件名。序列间用逗号隔开。选择此项时，表示—ignore-quals也被选择了。-s/--skipinput的reads中，跳过前个reads或者pairs。-u/--qupto只比对前个reads或

8、者pairs（在跳过前个reads或者pairs后）。Default:nolimit.-5/--trim5剪掉5'端长度的碱基，再用于比对。(default:0).-3/--trim3剪掉3'端长度的碱基，再用于比对。(default:0).--phred33输入的碱基质量等于ASCII码值加上33.在最近的illuminapipiline中得以运用。最低碱基质量是“#”。--phred64输入的碱基质量等于ASCII码值加上64.最低碱基质量是“B”。

9、--solexa-quals将Solexa的碱基质量转换为Phred。在老的GAPipeline版本中得以运用。Default:off.--int-quals输入文件中的碱基质量为用“”分隔的数值，而不是ASCII码。比如40403040...。Default:off.–end-to-end模式下的预设参数--very-fastSameas:-D5-R1-N0-L22-iS,0,2.50--fastSameas:-D10-R2-N0-L22-iS,0,2.50--sensitiveSameas:-D15

10、-R2-N0-L22-iS,1,1.15(defaultin--end-to-endmode)--very-sensitiveSameas:-D20-R3-N0-L20-iS,1,0.50–loca模式下的预设参数--very-fast-localSameas:-D5-R1-N0-L25-iS,1,2.00--fast-localSameas:-D10-R2-N0-L22-iS,1,1.75--sensitive-localSameas:-