(重要)MPICH向导

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1、Intelc编译器/opt/intel/cce/bin/iccIntelfortran90编译器/opt/intel/fce/10.0.018/bin/ifortExportFC90=ifort-comm=shared每个节点都是SMP节点。#cd/tmp/mpi-1.2.7#./configure--prefix=/cluster/mpich1.2.7–fc=ifort-rsh=ssh-comm=shared10月26日10.7#./configure--prefix=/cluster/mpi

2、ch1.2.7--with-comm=shared1.Q:MyjobrunstocompletionbutexitswiththemessageTimeoutinwaitingforprocessestoexit.Thismaybeduetoadefectivershprogram(SomeversionsofKerberosrshhavebeenobservedtohavethisproblem).ThisisnotaproblemwithP4ormpichbutaproblemwiththe

3、operatingenvironment.Formanyapplications,thisproblemwillonlyslowdownprocesstermination.Whatdoesthismean?A:IfanythingcausestherundowninMPI_Finalizetotakemorethanabout5minutes,itbecomessuspiciousofthershimplementation.ThershusedwithsomeKerberosinstalla

4、tionsassumedthatsizeof(FD_SET)==sizeof(int).ThismeantthatthershprogramassumedthatthelargestFDvaluewas31.Whenaprogramusesforktocreateprocessesthatlaunchrsh,whilemaintainingthestdin,stdout,andstderrtotheforkedprocess,thisassumptionisnolongertrue,sincet

5、heFDthatrshcreatesforthesocketmaybegreaterthan31ifthereareenoughprocessesrunning.Whenusingsuchabrokenimplementationofrsh,thesymptomisthatjobsneverterminatebecausethershjobsarewaiting(withselect)forthesockettoclose.Thech_p4mpddeviceeliminatesthisprobl

6、em.#tarzxvfmpich.tar.gztar命令将mpich.tar.gz展成一个目录：/tmp/mpich-1.2.7假如不是使用g77编译器（Linux系统自带的Fortran77编译器），使用其他的编译器，必须重新编译安装mpich软件包。Mpich软件包在OSCAR之后安装。假如使用intel的fortran编译器，fortran编译程式必须在PATH路径中。使用下面的命令检查一下：#echo$PATH假如PATH中出现intel的fortran编译器，则跳过此处PATH的配置。

7、假设Intel编译程式的安装路径使用缺省路径（假如修改缺省路径要相应修改），修改/etc/profile文档，找到export中带有PATH的一行，在export语句的前面增加下面一行：PATH=/opt/intel_cc_80/bin:/opt/intel_fc_80/bin:$PATH然后注销，重新登陆，使用echo命令检查一下，然后运行ifc命令检查一下是否配置正确。#echo$PATH#ifc假如有问题，必须检查问题所在，并改正。配置在编译之前必须配置mpich软件包，以便编译出符合本地

8、环境的mpich软件。首先确定编译之后的安装路径，假设安装之后的路经定位：/usr/local/mpich-1.2.7，其次确定是否使用g77编译器，假如使用，无须配置，假如使用其他的编译器，必须配置，本例中使用intel的fortran编译器，所以配置如下：#cd/tmp/mpich-1.2.7#./configure–fc=ifc–prefiix=/usr/local/mpich-1.2.7其中，-fc指定fortran的编译器，ifc是intelfortran编译器的程式名。--prefi