chem3d使用指南

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1、Chem3D介绍•chem3D是一个三维分子结构演示软件提供功能制作结构：立体旋转；读取chemDraw结构；进行结构优化计算进行量化结构；并和数种量子化学软件结合在一起。1Chem3D起始界面2主界面Chem3D起始界面3工具栏模型类型三维视图ChemDraw切换模型窗口图标工具栏模型数据窗口扩大（缩小）窗口消息窗口状态栏4选择轨迹球大小调整单键双键三键虚键文本橡皮5显示设置6立体显示弹出信息配体显示视频设置原子标记模型显示设置原子显示结构显示色彩选项7显示设置属性ModelType线状模型棒状模型球棍模型圆柱键模型比例模型8带状模型9结构不同显示方式View/Setting/ModelD

2、ispaly菜单或F6键：五种SpaceFillingWireFrameSticksBall-SticksCylindricalBonds10带状模型常用于生物分子11代表用红蓝两种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色代表显示两个立体结构完全相同的模型代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。1213建立3D模型1.利用键工具建立模型选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型14线状模型15棒状模型16球棍模型17比例模型18X、Y轴旋转指示选择【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿

3、X19、Y轴旋转Z轴旋转指示选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转20光标位于原子上，自动显示原子信息模型结构信息21工具栏显示原子的符号和标号22光标位于键上，自动显示键信息模型结构信息23显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有没有相邻的原子的距离模型的进一步信息24模型的键长数据25模型的键长和键角数据26乙烯模型中的双键信息27键级改动28显示氢及孤对电子29不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数30选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号31居中移动到色彩调节显示元素符号显示元素编号隐显示实心球藏显示点阵表面或调整键长显破坏键示调整键级其就近结合它添加质

4、心原颠倒子调整矩阵隐藏所选部分隐藏非选部分显示所有原子显示邻近原子显示背面定义基团32利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】33环己烷的椅式构象342.利用文本工具建立模型使用【文本】工具输入结构式35按【Enter】自动转化为模型36括号表示支链3738整理结构39简单优化观察分子变化404-甲基-2-戊醇模型41建立1，2-双甲基环戊烷模型4243整理结构44建立Ibuprofen(布洛芬)模型CH3COOHH3CCHCH2CHCH34546建立十肽菌素模型4748建立十二丙氨酸醇分子模型4950改变显示方式模型类型窗口：51设为线状模型5253设为带状模型54a-

5、螺旋模型553.利用子结构建立模型使用子结构建立模型56子结构模型库57选择所需的子结构，然后复制58粘贴复制结果59在子结构上进行编辑604.使用模板建立模型61625.ChemDraw和Chem3D信息转换ChemDraw中画出的分子结构复制粘贴到63Chem3D中Chem3D中复制粘贴到画出的分子模型ChemDraw中64计算功能演示（1）查找原子的范德瓦尔斯半径【View】【AtomTypes.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径656667（2）观察分子的大小建立苯模型。执行【View】【ConnollyMolecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择

6、分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为1006869707172View/SolventAccessible菜单甲苯结构73（3）计算分子体积建立苯模型。执行【Analyze】【ComputeProperties】在【AvailableProperties】选框中双击【ConnollySolvent-ExcludedVolumeSVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【SelectedProperties】框中。单击ok，747576777879(4)检查结构能量80模型旋转对位交叉81总能量计算82计算结果空间位阻能：0.977kcal/mol83模型的二面角数

7、据84数据与模型对应85显示原子符号及序号86按动旋转数据相应改变87(5)分子轨道(HOMO及LUMO)首先用双键画出乙烯分子88显示轨道时必须选择89选择分子轨道90轨道选项HOMO和LUMO各6个能量随所选轨道不同而不同实心显示（丝网显示圆点显示半透明显示）选择HOMOHOMO轨道轨道显示91乙烯分子的HOMO轨道92LUMO轨道显示选择LUMO轨道93乙烯分子的LUMO轨道94959697