转录组分析概要

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1、转录组分析SBC孙明明mingming_sun@shbiochip.com转录组分析•分析材料收集•分析流程概要•分析结果展示SBC什么是转录组•转录组（transcriptome）–广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；SBC–狭义上指所有mRNA的集合基因组转录组蛋白质组代谢组人类生老病死奥秘相应基因组及注释文件查找SBC基因组SBC基因组注释文件•GTF：Genetransferformat•GFF：GeneFeatureForm

2、at)SBC[attributes]GFF文件格式SBCGTF文件格式Ensemble基因组浏览器在线浏览查找地址：•http://asia.ensembl.org/index.html•http://plants.ensembl.org/index.htmlSBCFTP下载地址:ftp://ftp.ensembl.org/pub/ftp://ftp.ensemblgenomes.or

3、g/pub/plantsEnsemble基因组浏览器在线浏览查找地址：•http://asia.ensembl.org/index.html•http://plants.ensembl.org/index.html•一个强大的工具：SBCBioMartFTP下载地址:ftp://ftp.ensembl.org/pub/ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants•Ensemble基因组信息目前是最为全面的一个，使用较为便捷，尤其在植物方面更为有优势SBCUCSC基因组浏

4、览器在线浏览查找地址：•http://genome.ucsc.edu/•一个强大的工具：TableSBCFTP下载地址ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/UCSC基因组浏览器注释信息较为完整和稳定，不收纳那些未经过验证过的注释，在模式生物基因组方面较为突出，目前收录了90个物种的基因组SBCNCBI基因组浏览器在线地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome一个强大工具：SBCEntrez检索系统FTP下载地址：ftp://ft

5、p.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/NCBI基因组浏览器NCBI基因组在原核生物方面变现较为突出，几乎涵盖了所有已经公布的原核生物基因组信息，将近3000种原核生物SBC其他基因组数据库•http://www.phytozome.net/植物•http://www.jgi.doe.govSBC/植物，真菌高通量测序技术相关知识SBC测序技术发展……一代测序二代测序三代测序Sanger测序SBCSolexa测序PacBio单分子测序ABI3730454FLX测序Helicos单分子测序S

6、OLID测序……Fastq格式解析由测序仪器得到的序列片段，称之为Reads，一堆Reads放在一起就是Fastq文件，下面为Fastq文件解析SBCFastq格式解析之ReadsnameSBCFastq格式解析SBCFastq格式解析SBCFastq格式解析SBCRawreads质控标准SBC数据展示•454–Fna–QualSBC转录组分析•分析材料收集•分析流程概要•分析结果展示SBC分析流程SBC数据预处理•去除总体质量偏低的Reads•去除首末尾质量低的碱基，

7、序列•去除中间N碱基，标准为连续出现SBC2个N•去除ribosomeRNAreads拼接assembly•CLCbio•Trinity•Velvet+Oases•SOAPdenovo•ABYSSSBC比对基因组•Tophat:RNA-SEQ权威比对工具splicing比对算法：即分段比对算法，当某条测序序列位于转录本剪切位点时，也就是这条序列同时属于两个外显子，如果将它与参考基因组进行比对SBC，它将无法找到它合适的位置；但是应用分段比对算法就可以将这条测序序列分割变成多段子序列，然后应用这些段子序列

8、与基因组进行比对，这样就可以找到它们真正的位置基因组比对实现方法第一步：应用bowtie对下载的基因组建立索引bowtie2-build-fgenome.fagenome_index第二步：应用tophatSBC进行基因组比对tophat2-I50000--max-segment-intron50000-a10–m0-g1–pcpu_cores-Ggtf/gff文件genome_indexfastq_1fastq_2BAM基因组比对结果•S