生物信息学原理与方法第九讲蛋白质序列分析与预测

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1、第二讲蛋白质序列分析与预测生物信息学原理与方法目录一、基本方法二、在线工具--ExPASy系统简介一、基本方法二、ExPASy系统简介1.Proteinidentificationandcharacterization蛋白质识别与特证描述2.DNA->Protein将DNA序列翻译成蛋白质序列3.Similaritysearches序列类似性检索（已讲）4.Patternandprofilesearches模式的搜索5.Post-translationalmodificationprediction翻译后修饰预测6.Topologyprediction空间结构预测7.Primaryst

2、ructureanalysis一级结构分析8.Secondarystructureprediction二级结构预测9.Tertiarystructure三级结构预测10.Sequencealignment序列比对（已讲）11.Biologicaltextanalysis生物学文本分析（不讲）1.Proteinidentificationandcharacterization蛋白质识别与特证描述1-1AACompIdent-以氨基酸组织识别蛋白质1-2AACompSim-比较Swiss-Port条目与其他条目的差异1-3MultiIdent-以等电点、分子量、氨基酸组成、序列特征及肽指纹

3、数据识别蛋白质。1-4PeptIdent–以肽指纹数据识别蛋白质、等电点、实验测定的分子量、以Swiss-Prot中所有蛋白质的理论肽来比较使用者指定的肽质谱，提供数据库的注释。1-5TagIdent以等电点、分子量和序列特征识别蛋白质，并检出与所给等电点和分子量最接近的蛋白质序列列表。1-6FindMod–预测可能的蛋白质翻译后修饰及肽中单个氨基酸可能被取代。将实验测定的肽质谱与指定的Swiss-Prot序列中的理论肽或用户输入的序列作比较，质谱的差异以作出更佳的蛋白质特征描述。1-7GlycoMod-以实验测定的质谱预测蛋白质可能出现的寡多醣结构。1-8GlycanMass-以寡多

4、醣结构预测其质谱。1-9FindPept-由实验质谱识别蛋白质中的肽，并考虑到人工化学修饰、翻译后修饰以及蛋白酶自体溶解等因素。1-10PeptideMass-以Swiss-Prot、TrEMBL条目或用户提供的序列來预测其肽质谱及翻译后修饰。1-11PeptideCutter–由所提供的蛋白质序列来预测可能的蛋白酶剪切位点或化学剪切位点。1-12IsotopIdent–预测肽、蛋白质、多核苷酸或化学组成的理论同位分布1-13PepMAPPER-由英中的UMIST提供的肽质谱分析工具。1-14Mascot–由MatrixScienceLtd.,提供的序列搜索、MS/MS离子及肽质谱识别

5、。1-15PepSea-由Protana,Denmark提供的从肽质谱和肽序列识别蛋白质。1-16PeptideSearch-由EMBLHeidelberg提供的肽质谱识别工具。1-17ProteinProspector-由UCSF提供的多种质谱分析工具。1-18PROWL-由Rockefeller和NYUniversities提供蛋白质化学性质及质谱仪资源。1-19PFMUTS-由MALDI提供，显示肽片段中可能出现的单氨基酸或两氨基酸突变。1-20CombSearch-一种试验性的的蛋白质识别工具集成系统。2.DNA->Protein将DNA序列翻译成蛋白质序列2-1Transla

6、te-将DNA序列翻译成蛋白质序列。2-2Transeq–使用EMBOSS软件包将DNA序列翻译成蛋白质序列。2-3GraphicalCodonUsageAnalyser–以图形方式显示密码子偏向性2-4BCMsearchlauncher–以六种框架翻译DNA序列2-5Backtranslation–将蛋白质序列翻译成DNA序列2-6Genewise–比较蛋白质序列与基因组的DNA序列，允许内含子和读框错误2-7FSED–读框错误检测2-8LabOnWeb-使用CompugenLEADSclusters延伸EST、表达模式及ESTs序列分析。2-9Listofgeneidentific

7、ationsoftwaresites列出基因识别的软件。3.Similaritysearches相似搜索3-1BLAST3-2Bicultra-Smith/Waterman序列搜索3-3MPsrch-EBI的Smith/Waterman序列比对。3-4DeCypher–Smith/Waterman序列搜索3-5Fasta3–EBI的FASTAversion33-6FDF-Smith/Waterman序列搜索3-7PropSearch–使用氨基酸