Photoshop 基础

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1、第九章第九章三维分子模型设计三维分子模型设计陈明旦厦门大学化学系mdchen@xmu.edu.cn苯基丙氨酸的各种化学表示苯基丙氨酸的各种化学表示•命名法：Systematicname：phenylalanine；Formula:CHNO;CHCHCH(NH)COH;911265222IUPAC:2-amino-3-phenylpropanoicacid•线型编码法:ROSDAL:1O-2=3O,2-4-5N,4-6-7=-12-7；SMILES:NC(Cc1ccccc1)C(O)=O•二维结构•三维结构•表面结构苯基丙氨

2、酸的二、三维结构表示苯基丙氨酸的二、三维结构表示苯基丙氨酸的表面化学结构表示苯基丙氨酸的表面化学结构表示苯基丙氨酸溶剂可及表面网格图苯基丙氨酸溶剂可及表面网格图苯基丙氨酸溶剂可及表面立体图苯基丙氨酸溶剂可及表面立体图苯基丙氨酸的范德华表面立体图苯基丙氨酸的范德华表面立体图HIVHIV--1Protease1Protease的的RibbonRibbon显示图显示图HIV-1Protease的Tube显示图HIVHIV--1Protease1Protease的的SchematicSchematic显示图显示图DSDSViewe

3、rProViewerPro的使用的使用•操作界面•分子模型的绘制•分子模型的显示•其它功能¾结构参数的测定¾数据的输入和输出¾动画播放¾插件的使用DSViewerDSViewer的简介的简介•AccelrysInc.公司开发产品，是DiscoveryStudio系列产品之一，是基于PC机硬件平台的显示效果最佳的软件之一。SciFinder的分子显示软件。•具有多种分子结构的显示模式：线形、棒型、球棒、比例球棒、电子云空间填充、多面体等。•可显示有机和无机分子、蛋白质和DNA等生物大分子、金属络合物、合成和天然药物等多种分子

4、的结构信息。•可在屏幕的工作区内绘制二维分子的骨架，并进一步构建三维分子结构模型。•ViewerPro带有分子力学优化和构型搜索，具有较强的计算功能。•可以读入和输出多种分子图形软件的格式文件，包括VRMLWorld格式的文件。DSDSViewerProViewerPro的操作界面的操作界面LuciferinLuciferin二维结构的绘制二维结构的绘制原子显示模式的选择原子显示模式的选择LuciferinLuciferin的棒状图的棒状图LuciferinLuciferin的球棒状图的球棒状图LuciferinLucif

5、erin的比例球棒状图显示的比例球棒状图显示LuciferinLuciferin的空间填充图显示的空间填充图显示铱化合物中心铱原子的多面体显示铱化合物中心铱原子的多面体显示蛋白质显示设定窗口蛋白质显示设定窗口ProteaseProtease的的SchematicSchematic显示模式显示模式DNA/RNADNA/RNA显示设定窗口显示设定窗口晶胞构建的设定窗口晶胞构建的设定窗口黄铁矿晶胞图黄铁矿晶胞图LuciferinLuciferin的的VWDVWD分子表面显示图分子表面显示图LuciferinLuciferin的的

6、VWDVWD分子表面显示图分子表面显示图LuciferinLuciferin的溶剂可及表面显示图的溶剂可及表面显示图酵母酵母DNADNA结构层次显示结构层次显示DNADNA碎片和蛋白质数据窗口碎片和蛋白质数据窗口二茂铁分子模型的构建二茂铁分子模型的构建存储的图形文献格式存储的图形文献格式•DSViewerPro可输出的图形文件格式：Viewer、BrookhavenPDB、MDLMOL、XYZCoordinate、Catalyst、CatalystQuery、VRMLWorld、POV-RayScene、GIF、JPEG、

7、Bitmap和PNG。•其中VRMLWorld格式的图形文件（.wrl）最具特色，用户可使用专用的浏览器，形象、生动地显示VRML格式的分子图形。ViewerProViewerPro动画的制作动画的制作•可新建一个未命名文件，并在其中绘制（或输入）多个分子图形。•将全部分子图形以特定的文件格式：MOL、XYZ、CPD、SMI存盘。•播放动画时，使用View／Options／Import／CreateAnimationfromMultipleMolecules命令。•打开以上特定格式的文件，动画不会自动播放，屏幕显示动画的第

8、一帧，使用View／Animate命令可进行播放。•也可通过Animation工具栏的工具控制动画的播放。动画的制作（动画的制作（NewNew））•可新建一个未命名文件，并在其中绘制（或输入）多个分子图形。•选择各个分子图形需要重叠的部分，使用Modify／AlignStructures／Overlay