盐生植物辽宁碱蓬SuaedaliaotungensisK转录组测序及分析

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1、分类号：密级：学校代码：学号：逢掌虚可耗犬擎硕士学位论文一‰文盐生植物辽宁碱蓬(SuaedaliaotungensisK．)转录组测序及分析作者姓名：学科、专业：研究方向：导师姓名：曹盈植物学1羽玩F于至砀弓瓢因工程2013年5月学位论文独创性声明本人承诺：所呈交的学位论文是本人在导师指导下所取得的研究成果。论文中除特别加以标注和致谢的地方外，不包含他人和其他机构已经撰写或发表过的研究成果，其他同志的研究成果对本人的启示和所提供的帮助，均己在论文中做了明确的声明并表示谢意。学位论文作者签名：刍酲区邕学位论文版权的使用授权书本

2、学位论文作者完全了解辽宁师范大学有关保留、使用学位论文的规定，及学校有权保留并向国家有关部门或机构送交复印件或磁盘，允许论文被查阅和借阅。本文授权辽宁师范大学，可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库并进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文，并且本人电子文档的内容和纸质论文的内容相一致。保密的学位论文在解密后使用本授权书。学位论文作者签名：犍指导教师签名：签名日期：．如／岁年多月3H辽宁师范大学硕士学位论文摘要辽宁碱蓬(SuaedaliaomngensisK．)是藜科(Chenopodiaceae

3、)碱蓬]嚣(Suaeda)--年生草本植物，具有很强的耐盐性，可大量生长于盐碱土壤中。随着土地盐碱化的加剧，植物耐盐机制研究成为目前研究的热点问题。辽宁碱蓬作为一种典型的盐生植物，是研究植物耐盐机制的好材料。新一代高通量测序技术相对于传统测序方法具有成本低、周期短、准确性高等优点，并且不受物种是否存在参考基因组的限制，己广泛应用到植物转录组的研究领域中。本研究首次应用Illumina／Solexa高通量测序技术对辽宁碱蓬转录组进行测序，并对转录组数据进行分析，主要结果如下：1．本次转录组测序共获得39724714条读序，每条

4、序列为100bp，所测总数据量为3972471400bp。将所得的短序列用SOAPdenovo软件进行从头组装，得到44328个configs，23923个scaffolds，最终得到17976条具较高注释可信度的unigenes。2．将拼接好的转录组数据与蛋白数据库进行比对，对辽宁碱蓬转录组进行功能注释，其中比对到葡萄(Vmsvinifera)、毛果杨(Populustrichocarpa)、蓖麻(Ricinuscommunis)的unigenes最多，分别占unigenes总数的31．95％、17．35％、14．“％。3

5、．对辽宁碱蓬转录组unigenes进行GO，KOG功能分类，发现有大量的unigenes与结合功能、代谢过程和催化反应功能相关。通过KEGG代谢通路分析，将辽宁碱蓬转录组的unigenes注释到了264个代谢通路中，包括与植物耐盐性相关的一些重要物质的代谢途径。以上这些注释结果提供了有价值的资源，有助于研究辽宁碱蓬中一些关键物质代谢的特定过程、功能及路径，亦有助于识别与某些代谢物合成相关的新基因。4．在所得的辽宁碱蓬转录组数据库中，挖掘直接与抗盐性相关的基因11条，与植物抗逆性相关的转录因子58个。对这些基因和转录因子进行相

6、关实验可进一步深入研究辽宁碱蓬的耐盐机理。5．根据辽宁碱蓬转录组数据库的数据信息，利用PCR扩增的方法获得了一段长度为543bp的acfin序列(GeneBank登录号为JX860282)，可用来作为研究辽宁碱蓬中其他基因表达特性的内参基因。关键词：辽宁碱蓬；耐盐；转录组；高通量测序；Actin基因盐生植物辽宁碱蓬(SuaedaliaolzolgensisK)转录组测序及分析TranscriptomesequencingandanalysisofthehalophyteSuaedaliaotungensisK．Abstrac

7、tSuaedaliaotungensisisbelongedtoChenopodiaceae，Suaeda，ayearofherbalhalophyte，whichCallthriveinsalinitysoil．Withtheincreasingsharpnessoflandsalt—alkalinization，thesalt-tolerantgeneticengineeringofplantsbecomesahotspot．Asatypicalkindofhalophyte，Suaedaliaotungensisiso

8、neoftheeffectivegenebanksforresearchforsalinitytoleranceofplants．Thehi鲈一throughputsequencingisfaster,cheaperandwithhighaccuracywithouttheresectio