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《大岩桐花萼和幼叶转录组研究》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、园艺学报,2015,42(12):2519–2525.ActaHorticulturaeSinicadoi:10.16420/j.issn.0513-353x.2015-0105;http://www.ahs.ac.cn2519大岩桐花萼和幼叶转录组研究1121,*费元,韩雪,余红,庞基良12(杭州师范大学生命与环境科学学院,杭州310036;杭州市农业科学研究院生物技术研究所,杭州310024)摘要:利用新一代高通量测序技术平台IlluminaSolexaGAⅡx对大岩桐花萼和幼叶进行转录组测序和数据从头组装
2、及生物信息学分析,获得了长度大于100bp的转录物22821条;转录本总长度28.63Mb,N50长度1548bp,序列平均长度953bp。转录物注释结果显示,15053条有同源比对信息;7768条无匹配序列信息,可能为大岩桐特有的基因序列。通过对花萼、幼叶中与激素代谢、信号转导相关的差异KEGG通路比较,推断在花萼中促进生长激素合成基因的表达比幼叶中强,激素信号转导组分基因的表达也比幼叶中强。关键词:大岩桐;花萼;幼叶;转录组;生物信息学分析中图分类号:S682文献标志码:A文章编号:0513-353X(20
3、15)12-2519-07SequencingandCharacterizationofTranscriptomeofSinningiaspeciosaSepalsandYoungLeaves1121,*FEIYuan,HANXue,YUHong,andPANGJi-liang12(CollegeofLifeandEnvironmentalSciences,HangzhouNormalUniversity,Hangzhou310036,China;InstituteofBiotechnology,Hangzho
4、uAcademyofAgriculturalSciences,Hangzhou310024,China)Abstract:ThetranscriptomeofSinningiaspeciosasepalsandyoungleaveswassequencedbyusingIlluminaSolexaGAⅡx,andthefunctionalannotationsandmetabolicpathwayanalysesofsomeunigeneswereconductedinthisstudy.And22821uni
5、genes,longerthan100bp,wereobtainedbydenovoassemblymethod.Thetotalscaffoldsequencelengthreached28.63Mbwiththe1548bpofN50,theaverageunigeneslengthwas953bp.Annotationanalysisofunigeneindicatedthat15053unigeneshadhomologinpublicproteindatabase;However,7768sequen
6、ceswerenohitandmightbeSinningiaspeciosaspecific.ThestudyofdifferentKEGGpathwaysrelatedtohormonemetabolismandsignalinginsepalsandyoungleaves,inferredthattheexpressionofhormonesynthesisgenesofpromotinggrowthinsepalsisstrongerthaninleaves,sowastheexpressionofth
7、esignaltransductioncomponentgenes.Keywords:Sinningiaspeciosa;sepal;youngleaf;transcriptome;bioinformationanalysis植物开花机理是植物学科的研究热点。利用拟南芥、金鱼草等模式植物已克隆了上百个与开化诱导、开花时间、花分生组织形成、花器官形成、花形等相关的基因(Xu&Chong,2002),并提出了花器官发生的“ABCDE”模型(Krizek&Fletcher,2005)。但仍存在许多需要进一步探索的问收
8、稿日期:2015–06–02;修回日期:2015–12–11基金项目:国家自然科学基金项目(31071818);浙江省重点科技创新团队项目(2010R50039)*通信作者Authorforcorrespondence(E-mail:pangrenshuiliang@aliyun.com)FeiYuan,HanXue,YuHong,PangJi-liang.Sequencingandc
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