哺乳动物基因非翻译区开放阅读框架的分析

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1、哺乳动物基因非翻译区开放阅读框架的分析摘要真核生物mRNA非翻译区(UTR)阅读框架在基因翻译水平上具有重要的调控作用。论文统计了哺乳动物12991条5’UTR序列所含的上游开放阅读框架(uORF)和15319条3'UTR序列所含的下游开放阅读框架(dORF)的各种序列特性，讨论了uORF作为可能的基因调控元件，不同于dORF的一些序列特征。在所分析的5’UTR序列中约19％的序列在阅读框1下含有AUG，约22％和24％的序列分别在阅读框2和阅读框3下含有AUG。在这些AUG当中，在阅读框1下，86％的AUG是以uORF的形式

2、出现的，在阅读框2和阅读框3下分别是71％和70％。而在所分析的3’UTR序列当中，无论是在哪个阅读框下，约71％含有AUG，其中约85％的AUG是以dORF的形式出现的；分析uORF序列和dORF序列以及与它们相应的ulC序列(上游阅读框间序列)和dlC序列(下游阅读框间序列)长度，发现虽然3’UTR序列远远长于5’UTR序列，但是它们所包含的dORF和uORF长度几乎没有差距，只是平均来说每一条3'UTR序列所包含的dORF数量明显多于每一条5’UTR序列所包含的uORF数量，而且dlC比ulC长很多；ulC序列长度和其相

3、应的uORF序列长度之间不存在显著的相关性，但dIC序列长度和其相应的dORF序列长度之间具有极显著的正相关关系。如果将阅读框间序列(intersictronicsequence，IC序列)分为比其相应的uORF(dORF)长和短的两种情况，无论是uORF与ulC之间的相关性还是dORF与dlC之间的相关性都达到极显著水平。第二类IC序列(UTR区相邻的两个阅读框之间的序列)的平均长度比其它两类IC序列(UTR区最后一个阅读框之后的序列)的平均长度小；ulC序列和dlC序列单碱基含量及终止密码子含量都存在很大的区别；uORF和

4、dORF起始密码子两端序列与kozak序列有一定的差距；比较uORF序列与dORF序列密码子使用偏好的CAI值发现，uORF序列的CAI值显著高于dORF序列的CAI值。关键词：哺乳动物基因；5’非翻译区；3’非翻译区；上游阅读框；下游阅读框；阅读框间序列；统计分析OPENREADINGFRAMESANALYSIS0NUNTRANSLATEDREGIONS0FMAMMALGENESABSTRACTTheopenreadingflameinuntranslatedregion(UTR)ofeukaryoticmRNAplaysa

5、nimportantroleinthelevelofgenetranslation．Inthispaper’thestatisticalmethodwasusedtostudythesequencecharacteristicsofupstreamopenreadingframes(uORFs)inmammal129915’UTRsequencesanddownstreamopenreadingflames(dORFs)inmammal153193’UTRsequences，andexplorethedifferencesbe

6、tweensomesequencefeaturesofuORFanddORFsequences．Nearly19％of5’UTRshadAUGinreadingflame1，nearly22％and24％of5’UTRhadAUGinreadingflame2and3respectively．Inreadingflame1，86％ofAUGsappearasuORF,inreadingflame2and3are71％and70respectively．However,for3’UTR，71％ofthemhadAUGand85％

7、oftheseAUGsappearasdORF；TheanalysisaboutthesequencelengthofuORFs，dORFsandcorrespondingulCsequences(upstreamintersictronicsequences)anddlCsequences(downstreamintersictronicsequences)appearsthatalthough3’UTRfarlongerthan5’UTR，buttherearealmostnodifferencebetweenthelen

8、gthofdORFanduOREHowever,theaveragenumberofdORFwhichcontainedinper3’UTRobviouslymorethantheaveragenumberofuORFwhichcontainedinper5’UTR，andd