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1、植物分子生物学生物信息学基础(10学时)唐玉荣tangyurong@vip.sina.com1.绪论2.分子数据库及NCBI序列检索3.双序列比对及BLAST比对工具4.多序列比对和分子系统发育5.核酸和蛋白质序列分析工具主要内容2学时4学时4学时主要参考书基础生物信息学及应用，蒋彦等，清华大学出版社生物信息学方法与实践，张成岗、贺福初，科学出版社生物信息学，赵国屏等，科学出版社生物信息学—基因和蛋白质分析的使用指南，李衍达，清华大学出版社生物信息学与功能基因组学，孙之荣主译，化学工业出版社Bioinformatics:sequenceandgenomeanalysis,DavidW.Moun
2、t,科学出版社InstantNotesinBioinformatics(影印版),科学出版社1.1生物信息学产生背景数据和知识的矛盾产生了生物信息学1.绪论GenBankDataYearBasePairsSequences1982680,33860619832,274,0292,427….….….200336,553,368,48530,968,418200444,575,745,17640,604,319200556,037,734,46252,016,762生物信息学(Bioinformatics):是一门交叉科学，它包含了生物信息的获取、处理、存储、分发、分析和解释等在内的所有方面，它综
3、合运用数学、计算机科学等工具，来阐明和理解大量生物数据所包含的生物学意义。1.2生物信息学定义数学计算机生物生物信息学收集和管理生物分子数据数据分析和挖掘开发分析工具和实用软件生物分子序列比较工具基因识别工具生物分子结构预测工具基因表达数据分析工具1.3生物信息学目标任务1.4生物信息学研究内容序列比对(SequenceAlignment)蛋白质结构预测计算机辅助基因识别非编码区分析和ＤＮＡ语言研究分子进化和比较基因组学序列重叠群装配遗传密码的起源基于结构的药物设计基因表达谱分析,代谢网络分析,基因芯片设计和蛋白质组学数据分析等1.5国内外生物信息网址国外美国国家生物技术与信息中心（NCBI）
4、欧洲分子生物学网络组织（EMBnet）专业节点：欧洲生物信息研究所（英国，EBI）Sanger研究所（英国，Sanger）国家节点：瑞士(SIB)澳大利亚(ANGIS)日本国立遗传学研究所（NIG）NCBI网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/包含了公共数据库、生物信息工具及应用等多种资源。与很多生物信息软件相关的站点及资源有链接。NCBI站点图http://www.ebi.ac.uk/包含了生物数据库、软件等多种资源，很多都有相当优秀的使用指导帮助EBISanger网址：http://www.sanger.ac.uk主要提供基因组研究相关的数据与分析工具SIB网址：h
5、ttp://www.isb-sib.ch/网址：http://www.angis.org.au/ANGIS网址：http://www.nig.ac.jp/index-e.htmlNIG国内北京大学生物信息中心（CBI）中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心（BioSino）香港中文大学生物信息中心（HKBIC）台湾分子生物信息中心（MBC）天津大学生物信息中心（TUBIC）国家人类基因组南方研究中心（CHGC）网址：http://www.cbi.pku.edu.cn是EMBnet的中国节点。CBIBioSino网址：http://www.biosino.org/网址：http://www.h
6、kbic.bch.cuhk.edu.hk/HKBIC网址：http://bioinfo.life.nctu.edu.tw/index.phpMBC网址：http://tubic.tju.edu.cn/TUBICCHGC网址：http://www.chgc.sh.cn/2.分子数据库及NCBI序列检索2.1分子数据类型生物分子信息核酸序列数据蛋白质序列数据生物分子结构数据生物分子功能数据最基本直观复杂2.2分子数据库核酸数据库EMBL（EuropeanMolecularBiologyLaboratory欧洲分子生物学实验室数据库，EBI维护）GenBank（NCBI,NationalCenter
7、forBiotechnologyInformation美国国家生物技术信息中心维护）DDBJ（NIG,NationalInstituteofGenetics日本国立遗传学研究所维护）NCBIEBINIHEMBLGenBankDDBJGenBank数据库基因组DNA数据库对应于表达基因的cDNA数据库表达序列标签(ESTs)序列标签位点(STS)基因组测序序列(GSSs)高通量基因组序列(HTGS)
