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1、微生物基因组学微生物基因组研究概况微生物基因组的特点微生物基因组研究的意义微生物基因组学微生物基因组研究概况微生物基因组重要纪事年限事件1994年美国DOE启动MGP1995年《Science》发表了第一株细菌-流感嗜血杆菌全基因组1995年发表了集胞藻菌株PCC6803的测序和注释1996年《Science》发表了第一个完成的古细菌-詹氏甲烷球菌全基因组序列1996年酵母基因组序列发表1997年大肠杆菌K-12基因组序列发表截至2011年4月24日，NCBI上记录了1534个细菌基因组,包括了103个古细菌和1431个真细菌,其中中国科学家完成了44个P
2、ubMed检索到的有关基因组学和转录组学的文献数TheliteraturenumberretrievedinPubMeddatabaseusing“Genomics”and“Transcriptomics”askeywords年份Year基因组学文章ArticlesaboutGenomics基因组学综述ReviewsaboutGenomics转录组学文章ArticlesaboutTranscriptomics转录组学综述ReviewsaboutTranscriptomics200015433832020012072559422002268982618720
3、0335709842313200448101238562320056109141788522006690515591054920077295161313355200881191603162592009855115792347520108986148729670研究现况及内容细菌研究内容代表菌株病原菌毒力因子、致病岛、耐药基因、耐药机制以及与寄主的关系等肺炎链球菌、致病性大肠杆菌、沙门氏菌等极端环境生长的细菌极端环境下的生存机制，如嗜热菌的热稳定性詹氏甲烷球菌、热自养甲烷杆菌、甲烷嗜热菌、腾冲嗜热菌等工业和环境有影响的细菌CO2固定、固氮、硫氧化和氢代谢等单
4、细胞蓝细菌、丝状蓝细菌、原绿藻等原核生物基因组的大小原核生物基因组的编码序列(CDS/ORF)原核生物染色体结构GC含量重复序列DNA链组成的非对称性微生物基因组的特点微生物基因组的特点类别特征染色体结构多为一条环状闭合双链DNA基因组大小从0.16-13Mb编码序列占基因组总长度的90%，平均为1Kb左右GC含量16.6%-74.9%DNA链组成的非对称分布GCskew、ATskew、基因方向性偏好、密码子使用偏好CircularrepresentationofthegenomeofT.tengcongensisMB4原核生物基因组的编码序列占原核生物基
5、因组总序列的90％基因的平均大小为1kbORF原核生物基因组的编码序列－－ 不同生物编码序列的比较OrganismGenome(kb)ORFsORFsizeCodingSequence(%)Buchnerasp64058398890Aquifexaeolicus1,5511,51295693Saccharomycescerevisiae12,0696,2941,09257Schizosaccharomycespombe14,0004,8202,03370Caenorhabditiselegans97,00019,0991,31127Arabidopsist
6、haliana115,42825,49846029Homosapiens3,000,00030,0001,340<2原核生物基因组的编码序列－－ 核生物（高温菌）基因组的内含子SulfolobussolfataricusP2：18个tRNA基因含有单个内含子一个胱氨酸tRNA基因含有2个内含子A.pernixtRNA基因中发现14个内含子Staphylothermusmarinus和运动脱硫球菌23SrRNA基因中也发现内含子染色体结构大多数原核生物：一条环状闭合双链DNABrucellasuis1330：两条环状闭合双链DNA2,107,792bp(Ch
7、rI)1,207,381bp(ChrII)Vibriocholerae:两条环状闭合双链DNA2,961,146bp(ChrI)1,072,314bp(ChrII)BorreliaburgdorferiB31：910,725bp（linearChromosome）21linearandcircularplasmidsTreponemapallidum：一条环状闭合双链DNA1,138,006bpGC含量原核生物基因组GC含量为：16.6-74.9%嗜温菌基因组GC含量与rRNA、tRNA的GC含量成正比嗜热菌rRNA、tRNA的GC含量与基因组GC含量不成
8、正比，但与OGT（最适生长温度）成正比tRNAGC含量总是大于rR
