并行生物序列算法设计与优化

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1、分类号；ＴＰ３９１单位代码：１０４２２２０１３１３２６４密级；：学号ＳＨＡＮＤＯＮＧＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ卒龄，硕±学位论文ＴｈｅｓｉｓｆｏｒＭａｓｔｅｒＤｅｒｅｅｇ论文题目：并巧生物淨列算巧设计与优化ＤＥＳＩＧＮＡＮＤＯＰＴＩＭＩＺＡＴＩＯＮＯＦＰＡＲＡＬＬＥＬ＇ＡＬＧ端ｉＴＨＭＦＯＲＢＩＯＬ的ＩＣＡＬＳＥＱＵＥＷＣ：：；Ｓ作者姓名郑全禪培养单位计巧机科学与技求学炼专业名称计巧抗辑学号技术指导教师巧五国教授合作导师２Ｗ６年６月３。日＇

2、Ｉ．－＇．‘．．‘．．０４２２分类号；ＴＰ３９１单位代码；１密级；学号：２０１３１３２６４／乂芝ＳＨＡＮＤＯＮＧＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ硕±学位论文Ｔｈｅｓｉｓ化ｒＭａｓｂｒＤｅｒｅｅｇ论文题目：并行生物序列算法设计与优化ＤＥＳＩＧＮＡＮＤＯＰＴＩＭＩＺＡＴＩＯＮＯＦＰＡＲＡＬＬＥＬＡＬＧＯＲＩＴＨＭＦＯＲＢＩＯＬＯＧＩＣＡＬ化ＱＵＥＮＣＥＳ作者巧名巧全刚培养单位计算机科学与技术学院专业名称计算机科学与技术指导教师刘卫国教授合作

3、导师２０１６年６月３０曰原创性声明本人郑重声明：，是本人在导师的指导下所呈交的学位论文，独立进行研究所取得的成果。除文中己经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体己经发表或撰写过的科研成果。对本文的研。究作出重要贡献的个人和集体，均己在文中明确方式标明本声明的法律责任由本人承担。论文作者签名＇ｉ。；款全成、日期；ｗｕ关于学位论文使用授权的声明、本人完全了解山东大学有关保留使用学位论文的规定，同意学校保留或向国家有关部口或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅；

4、本人授权山东大学可Ｗ将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可Ｗ采用影印、缩印或其他复制手段保存论文和汇编本学位论文。保密论文在解密后应遵守此规定（）Ｉ也ｂ新：對全风］导师签名：曰期论文作者签名：如山东大学硕±学位论文目录摘要ＩＡＢＳＴＲＡＣＴＩｌｌ一第章绪论１１．１蛋白质序列比对１１丄１蛋白质序列比对研究背景１１丄２４蛋白质序列比对研究现状１丄３本课题研究容５１．２基因拼接６１．２．１基因拼接研究背景６１２２．．基因拼接研究现状８

5、１２３１０．．基因拼接研究内容１．３论文组织１１第二章基于ＩｎｔｅｌＸｅｏｎＰｈｉ的蛋白质序列比对算法１２２１Ｉｌ．ｎｔｅＭＩＣ架构介绍１２２．２Ｐ民ＯＳＩＴＥ蛋白质数据库比对算法１４２．３ＸＰＦＳ的并行设计与优化１７２３ＦＳ．．１ＸＰ执行流程１８２．３．２并行算法设计与优化１８２．４ＸＰＦＳ的性能比较与分析２２２．５ＸＰＦＳ算法贡献与总结２３第３章面向二代測序技术的基因拼接算法２５３．１ＡＲＣＳ基因拼接算法２５３丄１ＡＲＣＳ２５拼

6、接算法基本介绍３丄２ＡＲＣＳ基因拼接算法的整体流程２５３２Ｓ．对ＡＲＣ算法的性能优化巧３３ＡＲＣＳ．性能分析与比较３２１山东大学硕±学位论文３．４ＡＲＣＳ算法的贯献与总结３３第四章总结与展望３４３５４１王．作总结４２３５．未来展望４．２．１利用ＧＰＵ和ＭＩＣ加速蛋白质序列比对巧４．２２％．设计针对第Ｈ代测序数据的拼接算法参考文献３７ｇｃＷ４１攻读学位期船表的主要学术论文４２山东大学硕±学位论文ＣＯＮＴＥＮＴＳＣｈｉｎｅｓｅＡｂ

7、ｓｔｒａｃｔＩＥｎｇｌｉｓｈＡｂｓｔｒａｃｔＩｌｌＣｈａｐｔｅｒ１Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ１１．１ＰｒｏｔｅｉｎＳｅｕｅｎｃｅＡｌｉｎｍｅｎｔ１ｑｇ１．１．１ＲｅｓｅａｒｃｈＢａｃｋｒｏｕｎｄ１ｇ１１２ｕｎＲｒｃ．．ＣｒｒｅｔｅｓｅａｈＳｔａｔｕｓ４１１３ＲｅｓｅａｒｃｈＣｏｎｔｅｎｔ５．．１．２ＧＡｂｌ６ｅｎｏｍｅｓｓｅｍｙ１２１ＲｓｅａｒｃｈＢａｃｋｕｎｄ６．．ｅｇｒｏ１．２．２ＲｅｓｅａｒｃｈＳｔａｔｕｓ８１．２．３

8、民Ｃｔｅｓｅａｒｃｈｏｎｔｅｎ１０１ｉｉｈｉ．３Ｏｒｇａｎｚａｔｏｎｏｆｔｓａｅｒ１１ｐｐＣｈａｐｔｅｒ２ＰｒｏｔｅｉｎＳｅｑｕｅｎｃｅＡｌｉｇｎｍｅｎｔＡｌｇｏｉｉｔｈｍｂａｓｅｄｏｎＩｎｔｅｌ