黄瓜共表达基因模块的识别及其特点分析

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1、分类号０７８Ｗ学号？＂爲音泉毒义參硕±学位论文黄瓜共表达基因模块的识别及其特点分析林行众１指导教师黄Ｈ义教授杨清教授专化名称牛物化学与分子生物学研究方向生物信息学答辩日期二〇－—五年六月ＩＩＤＥＮＴＩＦＩＣＡＴＩＯＮＤＣＨＡＲＡＣＴＥＲＩＺＡＴＩＯＮＯＦＣＯ？ＡＮＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮＭＯＤＵＬＥＳＩＮＣＵＣＲＵＭＢＥＣＵＣＵＭＩＳ｛ＳＡＴＩＶＵＳｌｕ．）Ｂｙ）Ｃｉ打ｚｈｏ打ＬｉｎｇｇＡＤｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎＳｕｂｍｉｔｅｄｔｏ

2、ＮａｎｉｎＡｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｊｇｇｙｉｎＰａｒｔｉａｌＦｕｌｆｉｌｌｍｅｎｔｏｆ比ｅ民ｅｕｉｒｅｍｅｎｔｓｆｏｒｔｈｅＭａｓｔｅｒＤｅｒｅｅｑｇＳｕｅｒｖｉｓｅｄｐＢｙＰｒｏｆｅｓｓｏｒＳａｎＷｅｎＨｕａｎａｎｄｉｎＹａｎｇＱｇｇＣｏｌｌｅｅｏｆＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓｇＮａｎｉｎＡｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｊｇｇｙＮａｎｊｉｎｇ２１００９５，Ｐ．Ｒ．ＣｈｉｎａＪｕｎｅ２０１５原创性声明，，独立进

3、行研究工本人郑重声明：所呈交的学位论文是本人在导师的指导下作所取得的成果，本论文不包含任何其他个人或集。除文中己经注明引用的内容外体己经发表或撰写过的作品成果。对本文的研巧做出重要贡献的个人和集体，均己。在文中［＾明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担（需亲笔：学位论文作者）签名妓峰知曰巧軒資学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部口或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南京农业大学可Ｗ将

4、本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检Ｌ。索，可乂采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编学位论文保密□，在年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密囚。＿＂＂（请在上方框内打Ｖ）学位论文作者《（曰（需亲笔）签名年月导师（需亲笔）签名：為Ｍ年／月（日勺目录摘要ＩＡＢＳＴＲＡＣＴＩｌｌ英文缩略表Ｖ一第章综述１１．１生物学网络１１丄１生物学网络１１丄２共表达网络概念及运用２１丄３权重共表达网络３１．２测序技术发展３一１．２．１第代测

5、序技术３１．２．２第二代测序技术４１．３转录组研究技术进展６１３１．．转录组研究技术进展６１Ａ－．３．２ＲＮＳ巧的运用７本研究的目的和意义１１第二章材料与方法１３２１．材料１３２丄１植物材料１３２．２方法１３２１．２．黄瓜各组织总ＲＮＡ提取Ｗ及转录组测序分析１３２．２．２共表达网络构建１３２１．２．３组织特异性模块筛选５．２２．４模块的ＧＯ富集分析１５２．２．５染色体位置ｃｌｕｓｔｅｒ分析和ｍｏｔｉｆ富集分析１５２１．２．６黄瓜苦味

6、生物合成途径相关模块６第三章结果与分析１７３．１基因共表达网络的构建１７Ｉ黄瓜共表达基因模块的识别及其特点分析３．２组织持异性模块查找２０３．３特异性模块的生物学过程分析２１ｔ２３．４染色体ｄｕｓｅｒ分析２ｔ２３３．５模块基因启动子ｍｏｉｆ富集分析３．６黄瓜苦味相关模块分析２５第四章讨论２７４．１网络中的模块与特定组织或生物学过程有极强的关联性２７４．２模块内的基因往往受到相同的转录调控２７４．３ＷＧＣＮＡ数据处理２８全文结论２９参考

7、文献３１附录３７麵５９ｉｍ黄瓜共表达基因模块的识别及其特点分析摘要＇Ｃｗｃｗｎ妃Ｗ化，Ｍ也是植物性别发黄瓜（ＳＬ．）是我国最大的保护地裁培蔬莱作物，育和维管束运输研究的重要模式植物。黄瓜基因组序列图谱已经构建完成，并且在此基础上又完成了全基因组ＳＳ民标记开发和涵盖３３０万个变异位点变异组图谱，成为黄瓜功能基因研究的重要平台和工具，相关转录组研究也有很多报道，不过共表达网络研究还是空白。本实验ｋ乂温室型黄瓜Ｗ３０为研究对象选取１０个不同组织，进行转录组测，序，获得１

8、０份转录组原始数据。在对原始数据去除接头与低质量读段后，将高质量读段用Ｔｏｐｈａ位回贴到已经发表的栽培黄瓜基因组序列上。用Ｃｕｆｆｌｉｎｋｓ对回贴后的数据计算ＦＰＫＭ值，获得１０份组织的２４２７４基因的表达量数据。计算结果中的回贴率比较理想，不过有些基因的表达量过低。为了防止表