利用rna-seq技术挖掘鸡肠炎沙门氏菌抗性相关功能基因

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1、密级：论文编号:中囯农业科学院学位论文利用RNA-seq技术挖掘鸡肠炎沙门氏菌抗性相关功能基因RNA-seqanalysisrevealedfunctionalgenesassociatedwithresistancetoSalmonellaentericainchicken硕士研宄生：凡文磊指导教师：赵桂苹研究员申请学位类别：农学硕士专业：动物遗传育种与繁殖研宄方向：家鄭I传育种培养单位：北京畜牧兽医研究所中国农业科学院研宄生院2015年6月独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研宄工作及取得的研宄成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢

2、的地方外，论文中不包含其他人己经发表或撰写过的研宄成果，也不包含为获得中国衣业科学院或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研宂所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研宄生签名：时间；年/月么日关于论文使用授权的声明本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，g卩：中国农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。研宄生签名：中国农业科学院硕士学位论文评阅人、

3、答辩委员会签名表论文题目利用RNA-seq技术挖掘鸡肠炎沙门氏菌抗性相关功能基因动物遗传育家禽抗病育论文作者凡文磊专业研究方向种与繁殖种指导教师_赵桂苹培养单位（研究所）北京畜牧兽医研究所硕（博）姓名职称单位专业签名导师评硕导口动物遗传育刘剑锋教授中国农业大学博导V种与繁殖阅硕导V中国农业科学院北京动物遗传育高会江副教授人博导口畜牧兽医研究所种与繁殖答辩主席硕导口动物营养与呙于明教授中国农业大学7fr4^博导V饲料科学硕导口中国农业科学院北京动物营养与罗绪刚研究员博导V畜牧兽医研究所饲料科学硕导口生物化学与胡晓湘教授中国农业大学博导V分子生物学答硕导口中国农业

4、科学院北京动物遗传育王彦芳研究员博导V畜牧兽医研究所种与繁殖1M辩硕导口动物遗传育邓学梅教授中国农业大学博导v种与繁殖委硕导口动物遗传育刘剑锋教授中国农业大学口博导v种与繁殖贝硕导口中国农业科学院北京动物营养与立木研究员C叹博导v畜牧兽医研究所词料科学硕导口博导□会议记录（秘书）李庆贺论文答辩时间地点2015年5月28日北京畜牧兽医研究所科研楼东会议室Secrecy:No.ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationRNA-seqanalysisrevealedfunctionalgenesassociate

5、dwithresistancetoSalmonellaentericainchickenM.S.Candidate：FanWenleiAdvisor：ProfessorGuipingZhaoMajor：AnimalGeneticsandBreedingSpecialty：PoultryGeneticsandBreedingJune2015摘要肠炎沙门氏菌是造成公共卫生安全隐患的人畜共患病原菌。控制和解决沙门氏菌感染一直是家禽育种和生产中的难题。研究沙门氏菌感染的免疫机制，挖掘相关的主效基因，为抗病育种的实施提供理论基础。隔离舱中无菌饲养SPF白来航雏鸡210只

6、，在3日龄人工口服感染肠炎沙门氏菌，并分为三个处理组，在24-48h内濒临死亡的为易感组，存活的为抗病组，未攻毒的为对照组，分别挑选易感组中血液沙门氏菌载菌量最高和抗病组中最低的各3只以及对照组3只，利用RNA-seq技术检测9个样本脾脏组织mRNA表达情况。结果显示：(1)感染组（包括抗病和易感）鸡体重增长速度受到明显抑制，至第7天显著低于对照组（P<0.05）。对于鉴定出的15279条有注释信息的mRNA，将FPKM≥2，p≤0.05且组间差异倍数︱fold_change︱≥2的基因定为差异基因，则对照组和抗病组相比共有137个差异基因；抗病组和易感组相比

7、共有176个差异基因；对照组和易感组相比共有270个差异基因。GO富集分析显示，上述差异基因主要涉及caspase活性正调节、蛋白结合、炎症因子结合、IL-10合成正调节、生发中心B细胞分化等生物学过程。KEGGpathway富集分析发现，上述差异基因显著富集到的通路主要有炎症因子与其受体相互作用（Cytokine-cytokinereceptorinteraction）、NOD样受体信号通路（NOD-likereceptorsignalingpathway）、Jak-STAT信号通路（Jak-STATsignalingpathway）、PI3K-Akt信号通

8、路（PI3K-Aktsignaling