临床分离的janibacter全基因组从头测序及比较基因组学研究

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1、分类号：巧级：ＵＤＣ：Ｔ０４０：学号１１１２０１２１１０南昌大学同等学力申请硕±学位研究生学位论文临巧分离的／ｗｔ媒ａｃ／ｅｒ全基因组从头测序及比较基因纪学研究Ｄｅｎｏｖｏｓｅｕｅｎｃｉｎａｎｄｃｏｍａｒａｔｉｖｅｅｎｏｍｉｃｓｔｕｄｑｇｐｇｙ＊ｆｏｒＪａｎ化ａｃ化Ｉｃｌｉｎｉｃａｌｉｓｏｌａｔｅ梁巧山培养单位（院、系）：南昌大学公其卫生学院指导教师姓名、职称：万腊根教授导师组成员：曾令兵博±申请学位的学科口类：医学学科专业

2、名称：临床医学诊断论文答辩日期：２０１５年６月答辨蚕员会主席Ｖ言评阅人２０１５年６月学位论文独创性卢明一、学位论文独创烛声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加标挂和致谢的地方外，论文中不包含其他人己经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得南昌大学或其他教育机一构的学位或证书而使用过的材料。与我同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签名（手

3、写）；签字円期；年月円二、学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解南昌大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校有权保留并向国家有关部口或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南昌大学可将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可Ｗ采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编本学位论义。同时授权北京巧方数据股份有限公司和中国学术期刊（光盘版）电子杂志社将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》和《中国优秀博硕±学位论＂文全文＂数据库》

4、中全文发表，并通过网络向社会公众提供信息服务，同意按学章程规定享受相关权益。位论文作者签名（手写导师签名（手写）；＼签＾字円期：＂月／日签字日期；）＂＜任＾月円７＾论文题目￣￣名Ｉ学号论文级别Ｉ博±□硕±口院／系／所专业Ｅｍａｉｌ＿备□注公：开□保密Ｃ向校学位办申请获批准为＂保密＂，年＿＿月后公开）Ｉ摘要摘要本论文在临床微生物诊断中，发现并分离了一株少见细菌—Janibacter。我们首先通过扩增该分离株的16srDNA并进行测序、序列比对，

5、确定该分离株属于Janibacter菌属，因此，命名为JanibacterYFY001株。与此同时，我们验证了该细菌的药敏实验，发现JanibacterYFY001株对利福平、头孢他啶和克林霉素耐药。由于该菌属于高GC%含量菌种，所以，我们结合第二代和第三代基因组测序技术，对所提取的Janibacter全基因组进行测序，并获得了YFY001株的全基因组信息。YFY001株全基因组大小为3.40Mbp，GC%为71.46%。随后，我们对其中可能与致病相关的调控系统以及致病因子，进行注释；并借助比较基因组

6、的研究方法，将YFY001株与已经报道的两株环境株：HTCC2469和holey进行比较分析。最终发现了911个核心蛋白；而有1039个蛋白特异地存在于YFY001株中。本论文借助全基因组测序的方法，对临床分离的高GC含量的JanibacterYFY001，结合了第二代和第三代测序技术，最终获得了YFY001株的全基因组序列。在YFY001株的全基因组中，我们发现了双组份调控系统、分泌系统等与致病性相关的蛋白。与环境株的比较基因组发现特异存在于YFY001株的蛋白可能也与其致病性有一定的关系。本研究结

7、合基因组测序技术，对临床分离的少见菌株进行全基因组测序，对于阐明这类细菌的致病因子，为感染病人提供及时的治疗提供必要的依据。关键词：Janibacter；全基因组测序；临床微生物诊断IIAbstractABSTRACTInourstudy,weisolatedararebacterial–Janibacter,duringtheprocessofclinicalmicrobiologydiagnosis.Weamplified16srDNAtheisolateandsequenced,sequence

8、alignment,determinedtheisolatebelongtoJanibactergenus.AndwenamedJanibacterYFY001strainsinthisstudy.Meanwhile,weverifiedthatthebacterialsusceptibilitytesting,foundYFY001wasresistanttorifampicin,ceftazidimeandclindamycin.Sincethen,