黄鳝基因组特征、进化及性逆转的研究

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1、分类号Ｑ３４密级ＵＤＣ编号１０４８６武汉大学博±学位论文黄雖基因组特征、迸化及性逆转的研究研究生姓名：罗马竟指导教师姓名、职称：周荣家教授程汉华教授、学科、专业名称；生物学遗传学研究方向；动物及人类分子发育遗传学二〇—五年四月ＴａｘｏｎｏｍｉｃＮｏ．３４ＣｆｉｅｄＱｌａｓｓｉＧ口ｄｅＵＤＣＳｅｒｉａｌＮｏ．１０如６ＷＵＨＡＮＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹＤＩＳＳＥＲＴＡＴＩＯＮＦＯＲＤＯＣＴＯＲＡＬＤＥＧＲＥＥＧｅｎｏｍｅｓｅｑ

2、ｕｅｎｃｅｏｆｓｗａｍｐｅｅｌｐｒｏｖｉｄｅｓｉｎｓｉｈｔｓｉｎｔｏｅｎｏｍｅｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｎｄｓｅｘｇｇｒｅｖｅｒｓａｌＤｏｃｔｏｒａｌＣａｎｄｉｄａｔｅ：ＭａｉｎＬｕｏｊｇＳｕｅｒｖｉｓｏｒｓ：Ｐｒｏｆ．ＲｏｎｉａＺｈｏｕｐｇｊＰｒｏｆ．ＨａｎｈｕａＣｈｅｎｇＤｉｓｃｉｐｌｉｎｅａｎｄＳｐｅｃｉａｌｉｔｙ；ＧｅｎｅｔｉｃｓＳｕｂｅｃｔ；ＭｏｌｅｃｕｌａｒａｎｄＤｅｖｅｌｏｍｅｎｔａｌＧｅｎｅｔｉｃｓｊｐＡｒｉｌ２０１５ｐ，Ｉ

3、Ｉ学位论文使用授权书一（式两份，此份交《中国博±学位论文全文数据库》期刊社存档）本论文作者完全了解学校关于保存、使用学位论文的管理办法及规定，即学校有权保留并向国家有关部口或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被査阅和借阅，接受社会监督。本人授权武汉大学可Ｗ将本学位论文的全部或部分内容编入学校有关数据库和收录到《中国博±学位论文全文数据库》进行信息服务，也可Ｗ采用影印、缩印或扫描等复制手段保存或汇编本学位论文。本论文提交□当年年／□两年／ＤＨ年Ｗ后，同意发布。一若不选填则视为年Ｗ后

4、同意发布。注：保密学位论文，在解巧后适用于本授权书。作者签名＞ｒ年／月＾／ｆ武奴大学研究生学位论文作者信息论文慶目雜細１槪如似碰師ＩＩ姓名学号答辩日期论文级别博±ｂ／硕±口嚇暴厭专业ＩＩ联系电话Ｅｍａｉｌ＿通信地址巧Ｒ编）：备注：４３论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师指导下，独立进行研究工作所取得的研究成果。除文中已经标明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果。对本文的研究做出贡

5、献的个体和集体，均已在文中Ｗ明确方式标明。本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者（签名）：Ｊ脅」公年主月日ｙ本论文的创新点１．完成了黄罐基因组的测序和组装，预测了黄錯编码基因的数目和结构，并对基因功能进行了分析。２．研究了硬骨鱼类第Ｈ次基因组复制事件和黄錯基因组演化历程，提出了新的硬骨鱼类基因组进化模型。３．探索了脊椎动物中性染色体的起源和进化历程。分析了性腺转录组及逆转过程中关键基因的表达。Ｖ目录＊４捕要ＩＡｂｓｔｒａｃｔＩＩ一第章前言１１１

6、全基因组测序的研究进展１．１基因狙测序技术研究进展１１．２基因组组装技术研究进展８１．３功能基因组的研究进展１１２鱼类基因组研究进展１５２．１鱼类的基因组测序１５２．２鱼类的基因组进化１６３鱼类的性别决定机制１９３．１鱼类性染色体研究进展２０３．２鱼类性别决定基因的研究２１３．３黄錯的性逆转过程２２４本论文的目的和意义２４第二章飾基０组测巧与组装２５１引ａ２５２材料与方法２６２．１基因组测序与组装流程２６２．２黄錯基因组的提

7、取２７２．３ＤＮＡ文库的构建２７２．４基因组的序列组装２８３９结ｇ２３．１基因组的测序和组装结果２９３３１．２基因组的测序深度分布－３．３Ｋｍｅｒ分析基因组大小３１３．４基因沮的ＧＣ含量分布３３４纖３４第王章黄鲜基０组注释３５１引胃３５２方法与流程％ＶＩ２．１基因组的注释流程％２．２重复序列的注释３９２．３基因的预测Ｗ及结构注释４０２．４基因的结构优化与选择性剪切注释４１２．５基因组的功能注释４２３

8、结果４３３．１基因组的重复序列４３３．２基因的注释４４３．３基因的功能分类４６３．４ＲＮＡ选择性剪切４７４讨论４９第四章黄鲜基因纖化５１１引言５１１．１基因复制与基因家族５１１．２系统发生树的构建与分子钟的推算５２２方法与流程５３２．１黄錯进化分析的流程５３２