基于序列分析模式识别方法和功效的研究

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1、分类号：0217-密级：单位代码：学号：104222007m6cl⑧纱／▲菇办孚博士学位论文论文题目：兰于库多j分新旬艇袁识鄹高珐弟助放研疡哟锄％凇翰彩锄训估眦“铆炉月哆幺作者姓名翟志墉学院名称邀垄鳖堕专业名称趣窒丝鱼邀星丝计指导教师壅丝童拯整合作导师型丛熟缝垂垃教援年月日StudyontheIdentificationofPatternandItsPowerbasedonSequenceAnalysis基于序列分析的模式识别方法和功效研究THESISSubmittedinPartialFulfillmentoftheRequirementsfortheDegreeofDOCT

2、oRoFPHILoSOPHY(ProbabilityandMathematicalStatistics)attheSHANDoNGUNIVERSITYbyZHIYUANZHAISupervisor：Prof．YIHUILUANCo—superVisor：Prof．FENGZHUSUNProf．HONGYUZHAOApril2013原创性声明lifllmUlllfllliilllJY2332171本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的科研成果。对本文的研究作出重要

3、贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本声明的法律责任由本人承担。论文作者签名：耳}岩二琢关于学位论文使用授权的声明本人完全了解山东大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留或向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅；本人授权山东大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文和汇编本学位论文。(保密论文在解密后应遵守此规定)论文作者签名：盟导师签名：日期：避z．7山东大学博士学位论文2中文摘要英文摘要第一章引言目录iii●●Vll11．1生物信息学．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．

4、．．．．．．．．．．．．11．1．1人类基因组计划．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11．1．2DNA测序技术的发展．．．．．．．．．．．．．．．．．．31．2与本论文相关的成果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51．2．1基于一代测序技术的Motif的识别．．．．．．．．．．．51．2．2基于二代测序的Motif的识别．．．．．．．．．．．．．．61．2．3主要问题．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7第二章模式识别统计功效的研究92．1模型的描述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．92．2理论描述．．．

5、．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．112．2．1正态近似．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．112．2．2复合泊松近似．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18i山东大学博士学位论文2．3模拟实验和计算功效的在线项目．．．．．．．．．．．．．．．．．．．212．3．1模拟实验．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．212．3．2在线计算模式功效的项目．．．．．．．．．．．．．．．．282．4生物数据的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．352．4．1利用正态近似研究CpG富集区的功效．．．．

6、．．．．．352．4．2利用复合泊松近似研究相对长的模式的功效．．．．．．38第三章基于NGS数据的模式识别453．1理论描述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．453．1．1基于二代测序的概率模型．．．．．．．．．．．．．．．．463．1．2基于NGS数据的模式发生次数的正态近似．．．．．．473。1．3基于NGS数据的模式发生次数的复合泊松近似。．．．593．1．4基于双链模型的复合泊松近似．．．．．．．．．．．．．．613．1．5模式发生次数的近似功效．．．．．．．．．．．．．．．．653．2模拟研究和生物数据的使用．．．．．．．．．．．．

7、．．．．．．．．．．663．2．1正态近似和复合泊松近似的模拟研究．．．．．．．．．．663．2．2功效的模拟研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．703．2．3在ChIP—Seq数据上的使用．．．．．．．．．．．．．．．78致谢103作者简介105摘要基因表达fgeneexpression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA中的遗传信息转变成具有生物活性的蛋白质分子。这一过程要经过转录和翻译两个步骤。其中转录是在细胞核内进行的，它是以DNA的一条链为模板，按照碱基互补配对的原则，