山羊骨骼肌发育过程mRNA转录组的鉴定及其差异分析

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1、分类号Ｓ８２７／６３６３．学号Ｓ２０１３３２１５？２＾（乂鲁＾丨農ｆＳＩＣＨＵＡＮＡＧＲＴＵＲＡＬＩＣＵＬＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ硕士学位论文山羊骨骼肌发育过程ｍＲＮＡ转录组的鉴定及其差异分析董尧Ｊ指导教师张红平教授专业名称动物遗传育种与繁殖研宄方向分子遗传与山羊育种２０１６年１１月ＳｉｃｈｕａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＭａｓｔｅｒＤｅｇｒｅｅＤｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎＩｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌａｎａｌｙｓｉｓｏｆｍＲＮＡｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏ

2、ｍｅｄｕｒｉｎｇｏａｔｓｋｅｌｅｔａｌｍｕｓｃｌｅｄｅｖｅｌｏｍｅｎｔｇｐＤｏｎＹａｏｇＤｉｒｅｃｔｅｄｂｙＰｒｏｆ．ＺｈａｎＨｏｎｉｎｇｇｐｇＡｎｉｍａｌＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＢｒｅｅｄｉｎｇ＆ＲｅｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＧｅｎｅｔｉｃｓａｎｄＧｏａｔＢｒｅｅｄｉｎｇＣｈｅｎｇｄｕ，Ｓｉｃｈｕａｎ，ＣｈｉｎａＮｏｖｅｍｂｅｒ２０１６，论文指导小组成员张红平（教授）李利（教授）王林杰（副研宄员）仲涛（副研宄员）本论文由四川省科技支撑计划（２０１４ＮＺ００７７，２０１５ＮＺ０１１２和

3、１６ＺＣ２８４９）资助在“畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室”四川农业大学完成论文独创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行研究工作所取得的成果，学位论文中不包含其他个。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外人或集体己经发表或撰写过的研宄成果，也不包含为获得四川农业大学或其它教育机一构的学位或证书所使用过的材料。与我同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研宄生签名１６年ｖ月日／关于论文使用授权的声明本人完全了解四川农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学

4、校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意四川农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。＂０本论文不保密。□本论文保密，在＿＿年解密后适用本授权。“”（请在以上□内划Ｖ）ｉ研宄生签名心＾年，月日＂导师签名：＾年月日四川农业大学硕士学位论文目录ｍ＾ＩＡＢＳＴＲＡＣＴＩｌｌ高频词对照表Ｖ１文献综述１１．１骨骼肌生长发育过程１１２骨骼２．肌发育调控研宄现状１．２．１ｍＲＮＡ与骨骼肌

5、发育２１．２．２ｍｉＲＮＡ与骨骼肌发育４．１．２３ＩｎｃＲＮＡ与骨骼肌发育５１．３转录组测序技术研宄概况７．．１３１转录组７－．．１３２ＲＮＡｓｅｑ技术的应用８１．４本研究的目的及意义９２材料与方法１０２１．１试验动物０２．２仪器与试剂１０２．２．１主要仪器设备１０２．２．２主要试剂１１２．３试验方法１１２．３．１总ＲＮＡ的提取１１２．３．２总ＲＮＡ的质检１２－２．３．３ＲＮＡｓｅｑ的文库构建及测序１４２．３．４测序数据的处理与分析１４２．３．５差异表达基因的ｑＰＣＲ定量验

6、证１６３结果与分析１９３．１总ＲＮＡ质量检测１９．３．１１总ＲＮＡ甲醛变性琼脂糖凝胶检测结果１９３，１．２总ＲＮＡ毛细管电泳检测结果１９ｉ四川农业大学硕士学位论文３．２测序数据概述以及质量评估２０３．３ｃｌｅａｎｒｅａｄｓ与参考基因组的比对２１３．４转录本拼接结果及其覆盖度分析２２３５ｍＲＮＡ２３．转录本的鉴定与分析３．６序列变异（ＳＮＶ和ＩＮＤＥＬＳ）的鉴定结果２７３．７差异表达ｍＲＮＡ的鉴定和功能富集分析２８３７１８．．差异表达ｍＲＮＡ的鉴定２３．７．２差异表达ｍＲＮＡ转录组的聚类分析２

7、９３．７．３差异表达ｍＲＮＡ的功能富集分析３０３－．８ＲＮＡＳＥＱ数据的验证３９４龍４０４．１转录组中的单核苷酸变异和插入缺失突变４０４．２骨骼肌发育过程中高表达的ｍＲＮＡ转录本４０４．３不同发育阶段差异表达的ｍＲＮＡ涉及的生物学通路４１４－．４ＲＮＡｓｅｑ结果的可靠性４２５＾４３参考文献４４攻读硕士学位期间发表的学术论文４８Ｗｉ４９＇四川农业大学硕士学位论文摘要山羊骨骼