多粘类芽孢杆菌sqr-21中fus基因簇特性研究及基因组分析

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1、分类号．S堇堇整。2学号．燃鲢啦南京菠素戈学博士学位论文多粘类芽孢杆菌SQR-21．／'us基因簇特性研究及基因组分析李舒清指导教师沈标教授专业名称植物营养学研究方向土壤微生物与生物肥料答辩日期二。一三年十二月THECHRARCTERISTICSOFfusGENECLUSTERANDGENOMEANALYSISOF刚E?、71姐王4C理上【愿POLYMYXASQR-21ByShuqingLiADissertationSubmittedtoNanjingAgriculturalUniversityInPartialFulfullmen

2、toftheRequirementsForDoctoralDegreeofAgriculturalScienceSupervisedbyProfessorBiaoShenCompletedinSeptember2013DepartmentofPlantNutritionCollegeofResourcesandEnvironmentalSciencesNanjingAgriculturalUniversityNanjing，210095，RR．China本研究内容由国家自然科学基金项目(31272255)和农业部农业公益性行业科研专

3、项(201103004)共同资助特此致谢原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者(需亲笔)签名：谚舒嗡如，岁年，)月j，日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅

4、。本人授权南京农业大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编学位论文。保密口，在——年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密彭(请在以上方框内打“√”)学位论文作者c需亲笔，虢砖吁确导师(需亲笔)签名：＼唿压融≯呜年p其歹B如·哆年，y月_f’日目录摘要录～IⅢ第—章文献综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。1l多粘类芽孢杆菌(Paenibacilluspolymyxa)的生防机理⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11．1拮抗作用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

5、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．11．2竞争作用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．21．3诱导植物抗性⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．32生防菌株的根际定殖与检测方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯32．1生防菌株的根际定殖⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．32．2根际定殖生防菌株的检测方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．43多粘类芽孢杆菌合成fusaricidin和polymyxin的途径⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯63．1杀镰孢菌素(fusaricidin)的合成途径⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

6、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯63．2多粘菌素(polymyxin)的合成途径⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．104微生物基因组学⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．124．1微生物基因组学发展历史简介⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯124．2微生物基因组学的研究现状简介⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯134．3DNA测序技术的发展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．144．4多粘类芽孢杆菌全基因组测序简介⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯165本研究的目的与意义⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．17参考文航⋯⋯18

7、第二章多粘类芽孢杆菌SQR-21拮抗及促生机理研究⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯27第一节多粘类芽孢杆菌SQR-21产拮抗及促生物质研究⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．271材料方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．271．1菌株⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯271．2培养基⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯27多粘类芽孢杆菌SQR-21中丘s基因簇特性研究及基因组分析1．3多粘类芽孢杆菌SQR-21种子液的培养⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯281．4菌株SQR-21抗菌物质粗

8、提液的制备⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯281．5平板对峙实验⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯281．6MALDI．TOF分析菌株SQR-21产fusaricidin种类⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．281．7菌株SQR．21发酵