南极48.1海区南极磷虾遗传多样性与遗传结构分析

《南极48.1海区南极磷虾遗传多样性与遗传结构分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、学校代码：10264研究生学号：M150107143上海海洋大学硕士学位论文题目：南极48.1海区南极磷虾遗传多样性与遗传结构分析英文题目：GeneticdiversityandstructureofEuphausiasuperbainAntarctic(Subarea48.1)专业：动物遗传育种与繁殖研究方向：鱼类种群遗传学姓名：董瑶指导教师：马春艳副研究员二O一八年五月十九日上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成

2、果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□

3、，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注赵金良上海海洋大学教授主席马凌波水科院东海所研究员委员蒋科技水科院东海所副研究员委员赵明水科院东海所秘书水科院东海所6号楼三楼会答辩答辩地点2018.5.19议室日期上海海洋大学硕士学位论文南极48.1海区南极磷虾遗传多样性与遗传结构分析摘要南极磷虾不仅是南极的关键物种，也是地球上生物量最大的经济物种。本研究采用NADH脱氢酶亚基6(ND6)基因、细胞色

4、素C氧化酶亚基I(COI)和基因组微卫星标记对南极半岛48.1海区(50-65°W,50-65°S)16个站点（2013年4个站点；2016年12个站点）南极磷虾的遗传多样性、种群结构、以及种群演化历史进行研究，以期为南极磷虾渔业资源的有效管理和合理开发利用及对南极生态系统的保护提供基础数据支撑。1.基于线粒体序列对南极磷虾的种群遗传分析经PCR扩增测序及筛选后，2016年12个站点南极磷虾共获得480条COI-ND6序列，全长为1024bp，无插入缺失。序列分析结果如下：碱基组成为A(26.2%),T（39.8%）

5、，G(15.0%)和C(19.0%)，A+T(66%)的含量远高于C+G(34%)的含量。序列间共发现400个单倍型且大多为稀有单倍型；平均单倍型多样性(Hd)为0.9961，核苷酸多样性(Pi)为0.01218，平均成对核苷酸差异(k)为12.474。12个采样站位内和站位间遗传距离接近（在0.011-0.014之间）。单倍型的UPGMA树显示各个站点间并未出现显著分离现象；12个站点的NJ树则出现一定的聚类现象。分子方差分析表明，遗传变异主要来自于群体内（站点内变异100.23%）；同时，基因流和遗传分化指数也表

6、明各个站点间存在广泛IV上海海洋大学硕士学位论文的基因交流，缺乏明显的遗传分化。单倍型的UPGMA树和主坐标PCoA分析显示：各站点内的南极磷虾都存在相同的分化现象。错配分析，中性检测及拟合度检测表明历史上南极磷虾经历了种群扩张，计算得到：种群扩张发生在35.52万年前，正处于更新世晚期。经PCR扩增测序及筛选后，共得到593条COI序列(2013年113条，2016年480条)，序列长度为491bp。比较分析结果如下：G+C含量2013年与2016年相同均为39.9%。2013年和2016年样品的平均单倍型多样性（

7、2013年0.963；2016年0.9686），核苷酸多样性（2013年0.0115；2016年0.01044）和成对核苷酸差异（5.647和5.124）均较高但差别不大。2013年与2016年样品总的遗传距离为0.011。NJ邻接树和PCoA分析显示：2013年与2016年的南极磷虾样品并未形成单独的分支。分子方差分析表明两年间的样品存在0.35%遗传变异但是分化系数仅为0.00351。2013年各站点与2016年各站点的遗传分化系数也均较小且不显著。PCoA分析显示各站点内的南极磷虾都存在相同的分化现象。2.南极

8、磷虾10对多态微卫星引物的开发及多态性验证本研究采用5’端锚定法和简化基因组的方法共开发了10对多态微卫星引物。多态性验证共获得46个等位基因，每个位点的等位基因数目在2～9之间；观测杂合度（Ho）在0.033和1之间；多态信息含量(PIC)在0.032863485~0.71939702之间，ES1，ES2，ES3，ES6，ES8，ES9位点表