基于液相色谱-质谱联用技术的肝癌糖蛋白质组学的研究

《基于液相色谱-质谱联用技术的肝癌糖蛋白质组学的研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、後舅大学万方数据博士学位论文(专业学位)学校代码：10246学号：0556245基于液相色瞥质谱联用技术的肝癌糖蛋白质组学的研究院系：专业：姓名：指导教师：完成日期：上海医学院临床医学八年制黄英男沈锡中教授2013年4月10日万方数据墨录目录舢舢舢删删删删删舢舢Y270．．．0．．．．．．5．．1111iolfllJ18f。III摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯5,久BSTRACT⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．7前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11第一部分原发性肝细胞癌患者和健康

2、对照者血清标本的收集⋯⋯⋯⋯⋯131．1研究对象、材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．131．1．1设备与耗材⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯131．1．2标本来源⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯131．1．3入选标准⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯l31．1．4伦理批准及知情同意⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯141．1．5标本采集⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯141．1．6标本保存及登记⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯141．1．7入组者基本情况及临床信息的采集⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯141．2结果与讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

3、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．151．2．1标本的登记⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯151．2．2标本的收集情况⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯151．2．3基本信息表及临床信息表的设计⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯16第二部分血清蛋白分离、富集及LC．MS／MS分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．202．1研究材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．211万方数据目录2．1．1主要试剂⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯212．1．2耗材与仪器⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯212．1．3血清标本⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯222．1．4样本预处理⋯⋯⋯⋯

4、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯232．1．5LC．MS／MS分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯252．2结果与讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯¨⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．252．3小结与展望⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．27第三部分原发性肝细胞癌患者与健康对照者血清差异糖蛋白组的生物信息学分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯j⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．3023．1研究方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一303．1．1数据库搜索⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯303．1．2糖基化位点预测⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯303．1．3蛋白的定量

5、分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯303．1．4蛋白的GO分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯313．2结果与讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．313．2．1糖蛋白和糖基化位点的识别⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯313．2．2GO分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．423．3小结与展望⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯一44参考文献⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．45附录⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯48万方数据目录附录I综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．48附录II研究

6、生期间发表的文章⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．61致谢⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯62万方数据4万方数据摘要第一部分原发性肝细胞癌患者和健康对照者血清标本的收集目的：收集原发性肝癌患者及健康对照组血清标本，用于后续糖蛋白组学研究。研究方法：于2012年3月至2012年8月之间，在复旦大学附属中山医院消化科及介入科病房及门诊，收集患者及对照组的外周血标本，制备成血清保存。同时登记患者的个人基本信息及临床信息。结果：共收集到104份血清标本。包括肝癌患者及健康对照组血清各52例；男性共54例，女性共50例：标本制备成血清保存。同时设计并填写《个人基本信息表》

7、和《个人临床信息表》。结论：本部分中规范收集了原发性肝癌及健康对照组的血清标本以及临床资料。完善的个人信息及临床资料有利于研究的后续验证工作。第二部分血清蛋白分离、富集及液相色谱．质谱联用技术(LC．MS／MS)分析目的：使用蛋白组学技术，分析肝癌患者及健康对照者血清标本中的糖蛋白。方法：血清标本经过去除高丰度蛋白、糖蛋白富集以及胰酶和糖苷酶酶解之后，使用LC．MS／MS对其进行分析。结果：本实验中高丰度蛋白的去除及糖蛋白富集效率较高，效果可靠。LC．MS