资源描述：
《rdna_its在植物病原真菌分子检测中的应用》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、第38卷第1期东北农业大学学报38(1):101~1062007年2月JournalofNortheastAgriculturalUniversityFebruary2007文章编号1005-9369(2007)01-0101-06rDNA-ITS在植物病原真菌分子检测中的应用1,21*11刘春来,文景芝,杨明秀,李永刚(1.东北农业大学农学院,黑龙江哈尔滨150030;2.黑龙江省农科院植保所,黑龙江哈尔滨150086)摘要:文章综述了rDNA序列结构特点及ITS序列在植物病原真菌的分类鉴定、分子检测、病害诊断及土壤中病原真
2、菌的检测方面的应用,并对其应用前景进行了评述。关键词:rDNA-ITS;PCR技术;植物病原真菌;分子检测中图分类号:S432.4+4+;Q522.6文献标识码:A传统真菌分类鉴定方法是以形态学特征并辅个拷贝由编码区5S,17-18S,5.8S,25-28SRNA以系统发育为基础,此法在一定程度上受到人为的编码区和不编码的间隔区构成。间隔区有转录间因素和环境条件的干扰,不能充分反映物种的进隔区(InternalTranscribedSpacer,ITS)和非转录基因化和种群间的亲缘关系。rDNA是除病毒以外所有间隔区(Inte
3、rgenicSpacer,IGS)(见图1)。生物都具有的基因,其碱基序列可作为研究生物系统进化和分类的可靠参照物。目前,真菌核酸序列研究几乎都集中在rDNA上,由于rDNA存在着广泛的保守区域,由此可以用作引物的结合位点,同时由于rDNA序列不同区域进化速度不同,[1]因此可用于不同分类水平的研究。特别是rDNA的ITS区段既具保守性,又在科、属、种水平上均有特异性序列,通过对ITS区进行PCR及测序后,再设计特异性引物,来诊断和检测植物病原菌,图1真菌核糖体基因簇结构(仿Vilgalyslab)尤其是对植物病原真菌的分子检
4、测已越来越被广Fig.1Ribosomegeneclustersstructureoffungi泛应用。由于这种方法快速、准确和简便,已成为研究病原真菌系统进化和病害诊断的强有力辅非转录基因间隔区将相邻的两个重复单位隔助工具,也越来越受到植物病理学家们的重视。开,在转录时有启动和识别作用。但IGS的转录外间区(ExternalTranscribedSpacer,ETS)也在前体1核糖体RNA基因(rDNA)序列的结构RNA中出现。RNA基因的排列顺序需说明的是5S真菌的核糖体RNA基因(rDNA)序列比较为真有例外,不同真菌5
5、S位置不定,有的出现在重复菌的系统进化、分子分类研究提供了有力的依据,单体中,而有的则不出现,且转录方向也不同,因被广泛应用于不同水平的进化和分类研究。rDNA而IGS的区域也不同。一般来说,整个rDNA从属中度重复序列,每一基因组有近千个拷贝,每5′到3′端依次为基因间隔区IGS(包括在18SrDNA上游的ETS1和在28SrDNA下游的ETS2);收稿日期:2005-12-26基金项目:国家自然科学基金重点项目(30230250);国家“十位置可变的5SrDNA;18SrDNA;ITS1序列;5.8S五”科技攻关项目(20
6、04BA520A16-0106);黑龙江省博士后启动基[2]。真菌核糖体rDNA;ITS2序列,以及28SrDNA金(LHK-04008)RNA基因(rDNA)各区的进化速度是不同的,编码作者简介:刘春来(1975-),男,山东人,硕士研究生,主要从事分子植物病理学研究。区较保守,其中18S比28S基因更保守,是系统发*通讯作者E-mail:jzhwen@sohu.com育中种级以上阶元的良好标记。5.8S基因分子量小·102·东北农业大学学报第38卷且高度保守,较少用于系统学研究。但它为真菌小,进化速率较快,所以物种间ITS
7、区表现出较高rDNAPCR扩增的通用引物的设计提供了极大的方的差异,并在绝大多数真核生物中也表现出了极为便。转录间隔区(ITS)和非转录基因间隔区(IGS)进广泛的序列多态性。ITS序列长度适中,从人类到化较快,可用于区分同属不同种甚至种内水平的变酵母的各种真核生物中ITS的序列长度从1000bp异。这种特性使得rDNA适于各级分类单元系统学到小于300bp不等,人们可以从不太长的序列中[3][2]的比较研究。获得足够的信息,从而根据其变异和特异性,设计并合成特异性引物,用于区分同属不同种乃至种2ITS及其引物内水平的变异,这
8、项技术已在微生物检测方面得到ITS区不加入成熟核糖体,受到的选择压力较广泛应用,尤其是检疫性病原物检测(见图2)。图2ITS区段PCR扩增引物示意(仿Vilgalyslab)Fig.2PCRamplifiedprimersofITSregion[7]在ITS应用中,设计和选用
