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1、第32卷第2期水产学报Vol.32,No.22008年3月JOURNALOFFISHERIESOFCHINAMar.,2008文章编号:1000-0615(2008)02-0174-08马氏珠母贝EST微卫星的筛选1,2,313石耀华,洪葵,郭希明,2222王嫣,侯占辉,顾志峰,王爱民(1.中国热带农业科学院热带生物技术研究所,热带作物生物技术国家重点实验室,华南热带农业大学,海南海口571101;2.海南省热带水生生物技术重点实验室,海南大学海洋学院教育部热带生物资源重点实验室,海南海口570228;3.HaskinShellfishResearch
2、Laboratory,InstituteofMarineandCoastalSciences,RutgersUniversity,6959MillerAvenue,PortNorris,NJ08349,USA)摘要:构建了马氏珠母贝的血液、足、鳃、胃、肝、心脏、外套膜、珍珠囊和感染多毛虫马氏珠母贝的血液(血感)等9个组织的cDNA文库,测序获得了6979个EST序列,从中查找到了268个重复序列,隶属于243个EST,含微卫星的EST数占EST总数的3.48%。珍珠囊cDNA文库含微卫星的序列所占比例最高,为6.16%,血感的最低,为1.65%。双碱基
3、重复序列130个,占48.5%,(AT/AT)n类型最常见;三碱基类型的83个,占约31%,其中(AAT/ATT)n和(AAG/CTT)n较多;四碱基重复的有30个,占11.2%,(AAAT/ATTT)n占了该类型的约50%。一共能够设计151对微卫星引物,有130对可以扩增,占合成引物总数的86.09%,其中,多态性引物45对。多态性EST-SSR的筛选将为马氏珠母贝的分子遗传学研究、种质鉴定和野生资源保护等提供可靠的工具。关键词:马氏珠母贝;EST-SSR;分子遗传学中图分类号:Q75;S968.3文献标识码:A马氏珠母贝(Pinctadamart
4、ensiiDunker),又称靠的分子标记,了解人工养殖对野生群体的干扰合浦珠母贝,是培育海水珍珠的最主要贝类之一。程度,保护种质资源。我国自1965年成功地开展马氏珠母贝的人工育马氏珠母贝野生种群遗传多样性研究主要采[3-5]苗以来,海水珍珠养殖业迅速发展,目前已成为广用同工酶和RAPD技术,简单序列重复间区[1]东、广西和海南沿海部分地区的支柱产业。由(inter-simplesequencerepeat,ISSR)也有过报[6]于长期的人工养殖和繁育,育珠贝变小,死亡率增道,但是这些遗传标记多态性较低或者不稳定,加,马氏珠母贝种质已呈现明显退化现
5、象,因此马逐渐很少应用。微卫星(microsatellite,MS),即简氏珠母贝新品种选育日益受到重视。优良品种的单序列重复(simplesequencerepeat,SSR),是一类培育需要良好的种质资源,但是移种养殖和人工核苷酸短序列的简单串联重复,广泛分布于真核[7]育苗养殖贝被释放或逃逸到自然环境可能影响野生物的基因组中。微卫星标记具有高度的多态[2]生种群的遗传结构。因此,需要对马氏珠母贝性和丰富的信息含量,杂合度可达100%,每代变[8-9]的野生种群的遗传多样性进行评价,筛选稳定可异超过2%;微卫星标记是共显性标记,能够收稿日期:200
6、7-05-27资助项目:国家/八六三0高技术研究发展计划(2006AA10A409);国家自然科学基金(40676075;30460105);国际科技合作重点项目计(2004DFA07200);博士后科学基金(2005037627);海南省自然科学基金(80412)作者简介:石耀华(1970-),男,湖北咸宁人,博士,从事水生动物养殖育种、遗传和发育研究。E-mail:stone70@126.com通讯作者:王爱民,E-mail:aimwang6@hotmail.com2期石耀华,等:马氏珠母贝EST微卫星的筛选175用于研究等位基因,区分纯合体和杂合
7、体,而且,表1马氏珠母贝cDNA文库的类型微卫星是基于特定的已知序列设计引物进行扩增Tab.1ThecDNAlibrariesconstructedfrom的,具有良好的重复性和保真性,便于实验室间交9tissuesofP.martensii[10-11]流,是一种很有价值的遗传标记,AFLP、组织名称文库类型tissuenamelibrarycharacterRAPD等显性标记无法做到。目前,微卫星标记血液bloodSMARTcDNA噬菌体文库[12]已被广泛应用于动植物遗传多样性研究、遗传血感infectedbloodSMARTcDNA质粒文库图谱
8、构建[13]、品种鉴定、疾病检测以及亲本分足gastropodSMARTcDNA质粒文库[14
