生物信息学数据库及查询_贾栋

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1、Ｊ．ＳＨＡＮＸＩＡＧＲＩＣ．ＵＮＩＶ．（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅＥｄｉｔｉｏｎ）学报（自然科学版）２０１３，３３（６）００３０８１生物信息学数据库及查询贾栋１，贾小云２，马瑞燕１（１．山西农业大学农学院，山西太谷０３０８０１；２．山西农业大学生命科学院，山西太谷０３０８０１）摘要：随着生物分子数据的指数增长，生物信息学相关数据库也有了空前的发展。介绍了生物信息学数据库的最新研究进展，并分别对核酸和蛋白质序列数据库、生物大分子结构数据库及基因组数据库的主要站点资源进行了评价，以大的生物信息中心ＮＣＢＩ开发的Ｅｎｔｒｅｚ系统和ＥＢＩ开发的ＳＲＳ系统为例，介绍

2、了数据库查询的基本方法。关键词：生物信息学；数据库；查询中图分类号：Ｑ８１１．４文献标识码：Ａ文章编号：１６７１－８１５１（２０１３）０６－０５２０－０６ＯｖｅｒｖｉｅｗｉｎＢｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓＤａｔａｂａｓｅａｎｄｔｈｅＩｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎｏｆＩｎｑｕｉｒｙ１，ＪｉａＸｉａｏｙｕｎ２，ＭａＲｕｉｙａｎ１ＪｉａＤｏｎｇ（１．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ，ＳｈａｎｘｉＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＴａｉｇｕＳｈａｎｘｉ０３０８０１，Ｃｈｉｎａ；２．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＬｉｆｅＳｃｉ－ｅｎｃｅ，ＳｈａｎｘｉＡｇｒｉｃｕｌｔｕ

3、ｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＴａｉｇｕＳｈａｎｘｉ０３０８０１，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｗｉｔｈｔｈｅｅｘｐｏｎｅｎｔｉａｌｇｒｏｗｔｈｏｆｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒｄａｔａ，ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｄａｔａｂａｓｅｓｈａｖｅｉｎｃｒｅａｓｅｄｒａｐｉｄｌｙ．Ｔｈｅｐｒｅｓ－ｅｎｔｓｔｕｄｙｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄｔｈｅｌａｔｅｓｔｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｓｏｆｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｄａｔａｂａｓｅｓ，ｍｅａｎｗｈｉｌｅ，ｍａｉｎｓｉｔｅｒｅｓｏｕｒｃｅｓｏｆｎｕｃｌｅｉｃａｃｉｄａｎｄｐｒｏｔｅｉｎｓｅｑｕｅｎｃｅｄａｔａｂａｓｅｓ，ｂｉｏｌｏｇｉ

4、ｃａｌｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄａｔａｂａｓｅ，ａｎｄｇｅｎｏｍｉｃｄａｔａｂａｓｅｓｗｅｒｅｅｖａｌｕａｔｅｄｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔｌｙ．ＴｈｅｍａｊｏｒｉｎｑｕｉｒｙｍｅｔｈｏｄｓｏｆｄａｔａｂａｓｅｓｗｅｒｅｄｅｓｃｒｉｂｅｄｕｓｉｎｇｔｈｅＥｎｔｒｅｚｓｙｓｔｅｍｄｅｖｅｌｏｐｅｄｂｙＮＣＢＩａｎｄＳＲＳｓｙｓｔｅｍｄｅｖｅｌｏｐｅｄｂｙＥＢＩａｓｅｘａｍｐｌｅｓ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：Ｂｉｏｉｎｆｏｍａｔｉｃｓ；Ｄａｔａｂａｓｅ；Ｑｕｅｒｙ生物信息学（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）是一门交叉学全世界的科研工作者提供快速、高效的数据

5、库资源科，包含生物信息的获取、加工、存储、分配、分析、服务。如何从海量的生物学数据中寻找有价值的解释等诸多方面，它综合运用数学、计算机科学和信息成为数据库查询的重要问题。生物学的各种工具来阐明和理解大量数据所包含［１］１生物信息数据库的生物学意义。数据库是一切生物信息学工作的出发点。近年来，大量生物学尤其是分子生物学１．１生物信息数据库的发展实验数据的积累，形成了数以千计的生物信息学数生物分子数据高速增长，分子生物学相关领域据库。国际上已建立起各类生物信息学数据库，几研究人员迅速获得最新实验数据的要求日趋强烈，乎覆盖了生命科学的各个领域。目前，生物信息学推动

6、生物信息学相关数据库的建立与快速增长（图数据库大致可分为４类：基因组数据库、核酸和蛋１）。从１９９６年起，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ（ＮＡＲ）白质一级结构序列数据库、生物大分子（主要是蛋杂志在每年的第一期中详细介绍最新版本的各种白质）三维空间结构数据库及由这３类数据库和文数据库，包括数据库内容的详尽描述与访问网址。［２］献资料为基础构建的二级数据库。这些数据库２０１３年，ＮＡＲ收集了全世界１５１２个主要分子生［３］大都存放在国际上一些著名的生物信息中心，大多物学数据库，分成１５个大类（表１），从ＮＡＲ的在内容方面得到了整合，数据格式实现了统一，

7、为数据库分类列表中可直接了解数据库的信息、更新收稿日期：２０１３－０７－０２修回日期：２０１３－０７－２０作者简介：贾栋（１９８０－），男（汉），山西朔州人，讲师，在读博士，研究方向：生物信息学。通讯作者：马瑞燕，教授，博士生导师。Ｔｅｌ：０３５４－６２８９５５５；Ｅ－ｍａｉｌ：ｍａｒｕｉｙａｎ２００４＠１６３．ｃｏｍ基金项目：教育部博导类项目（２０１１１４０３１１０００４）３３（６）贾栋等：生物信息学数据库及查询５２１情况及访问网址。ＮＡＲ赋予每个数据库一个固定或通讯人地址的变动而变化。的入口编号，此编号不随其存储位置、ＵＲＬ、作者、图１ＮＡＲ收集的数据库

8、增长情况Ｆｉｇ．１ＮＡＲｍｏｌｅｃｕｌａｒｂｉｏｌｏ