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1、微生物学通报AUG20,2010,37(8):1130−1137MicrobiologyChina©2010byInstituteofMicrobiology,CAStongbao@im.ac.cn研究报告湿地土壤微生物DNA提取及其脱腐技术12*222李靖宇赵吉边玉武琳慧于景丽(1.内蒙古大学生命科学学院内蒙古呼和浩特010021)(2.内蒙古大学环境与资源学院内蒙古呼和浩特010021)摘要:DNA分子生物学技术的广泛应用,为全面了解微生物群落提供了有力的工具。本文建立了一种新的从湿地土壤中提取微生物总DNA的方法,即氯化钙-SDS-酶法。在直接提取DNA过程中采用氯化钙去除腐殖酸,DN
2、A提取缓冲液中不使用EDTA螯合剂,提取过程用时4h左右。与其他两种方法相比,该方法高效去除湿地土壤腐殖酸,纯度较高,满足PCR扩增,为微生物生态学研究提供了一种高效的湿地土壤微生物总DNA提取和纯化技术。关键词:湿地土壤,DNA提取,腐殖酸,PCR扩增,氯化钙-SDS-酶法DNAExtractionandRemovingHumicSubstancefromWetlandSoil12*222LIJing-YuZHAOJiBIANYuWULin-HuiYUJing-Li(1.CollegeofLifeSciences,InnerMongoliaUniversity,Huhhot,InnerMo
3、nglia010021,China)(2.CollegeofEnvironment&Resources,InnerMongoliaUniversity,Huhhot,InnerMonglia010021,China)Abstract:DNA-basedmolecularbiologytechniqueshavewidelybeenusedasapowerfultooltoun-derstandthemicrobialcommunity.Inthispaper,anewmethodtoextractmicrobialgenomicDNAfromwetlandsoilwasestablished
4、,namelyCalciumChloride-SDS-Enzymatic.CalciumchlorideratherthanEDTAchelatingagentwasusedtoremovehumicacidsintheprocessofdirectDNAextraction.Theextractingtimeislessthan4hours.Incomparingwithothertwomethods,thismethodismoreefficientinremovinghumicacidsfromwetlandsoil,andthepurityofextractedDNAishigher
5、whichcanbeap-pliedtoPCRamplification.ItprovidesanefficienttechnologytoextractandpurifymicrobialgenomeDNAfromsoilformicrobialecologicalstudies.Keywords:Wetlandsoil,DNAextraction,Humicacid,PCRamplification,Calciumchloride-SDS-enzymatic[2]从土壤和沉积物样品中提取微生物总DNA是析。为了获得纯度较高的微生物总DNA,需要对研究微生物多样性的前提和基础,方法大致可以
6、分其进行纯化处理。纯化处理的方法有硫酸铝捕获腐[1][3][4][5]为直接提取和间接提取两大类。直接提取法获得殖酸法、PVPP纯化法、CTAB法、氯化铯密[6]DNA的量较大,但腐殖酸的存在会影响到下游的分度梯度离心法、交联葡聚糖和琼脂糖凝胶过滤树基金项目：国家973计划前期研究专项项目(No.2009CB125909)*通讯作者：Tel:86-471-4991676;:ndzj@imu.edu.cn收稿日期：2010-01-25;接受日期：2010-05-24李靖宇等:湿地土壤微生物DNA提取及其脱腐技术1131[7][8][9]脂、离子交换和高效分子量排阻层析、电洗脱、1.2DNA提取
7、新方法[10][10](1)取1g过筛的土样(一般0.5−1.5g)于2mL琼脂糖凝胶电泳和醋酸铵沉淀。但这些纯化处理增加了复杂性,且费时费力。TaqDNA聚合酶基离心管中,加入1.5mL脱腐缓冲液(100mmol/L因突变[11]可增加对腐殖酸等PCR抑制物的抗性,不Tris,100mmol/LNa4PO7,100mmol/LNa2EDTA,1.0%PVP,100mmol/LNaCl,0.05%Triton
