蓝点马鲛和日本鳀的遗传多样性研究

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1、中国海洋大学硕士学位论文蓝点马鲛和日本鲥的遗传多样性研究姓名：姜艳艳申请学位级别：硕士专业：水生生物学指导教师：孔晓瑜2003.6.7菹点马鲛和日本龌的遗传多样性研究摘要采用聚合酶链式反应(PCR)技术对采自山东半岛南岸水域的蓝点马鲛(Scomberomorusniphonius)20个个体的mtDNAD．Loop基因进行扩增，得到了1条大小约为500bp的清晰带。通过积累PCR产物，并进行纯化和测序，获得了410bD的核苷酸片段(不包括引物及部分尾部序列)。用Genedoc软件进行序列比较，在这20个

2、个体中，共检测到54个变异位点，包括：2个碱基缺失、1个碱基插入、43个转换位点、7个颠换位点及2个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并据此构建了UPGMA和nu系统树。用DNASP软件计算出的多态位点数(固为54、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(幻分别为0．02708和11．047。研究结果表明，该蓝点马鲛群体的遗传多样性较为丰富，20个个体通过聚类形成两大分支，表明该群体可能来源于2个不同的母系祖先。通过与鲈形目不同鱼类D-loop序列的同源性比较，发现m

3、tDNAD-Loop基因变异程度较大，适合于种内及种间的遗传多样性分析。通过PCR扩增和序列测定等技术，对分布于黄、东海海域的鲤鱼(Engraulisjaponicus)的ITS一1基因片段及线粒体DNA的16SrRNA、Cytb和CoI基因片段进行初步的研究，分别得到大小约为400bp、550bp、400bp和650bp的片段。通过序列比较发现CoI基因片段长度适宜，变异位点适中，且易于扩增，因此适合用于进行群体内及群体间的遗传多样性分析。本研究进一步对分布于黄、东海海域不同地理群体的鲤鱼mtDNAC

4、oI基因片段进行了PCR扩增和测序。用Genedoc软件进行序列比较，在这45个个体中未发现碱基插入或缺失，共检测到45个变异位点，其中有43个转换位点和2个颠换位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并据此构建了UPGMA和NJ系统树。用DNASP软件计算出各个群体及总群体的多态位点数(印、核苷酸多样性(尸i)和平均核苷酸差异数(的。发现三个群体的45个个体随机分布，没有明显的聚类现象，且群体内的遗传多样性参数与总群体非常接近，结果表明，来自不同地理群体的鳗鱼遗传多样性较为贫乏，各群体的鲤鱼

5、之间没有发生明显的遗传分化，可能由单一母系的一个群体扩张而来的。这为分稚于黄、东海海域的不同地理群体的鲤鱼的种质鉴定及资源评估提供了分子水平新资料。本研究填补了海洋动物种群遗传学与分子生物学领域的空白。关键词：遗传多样性：PCR；蓝点马鲛(Scontberomorusniphonius)；mtDNA：D．100p基因；鲤鱼(Engraulisjaponicus)ITS—l基因：16SrRNA基因；Cytb基因：Col基因蓝点马鲛和日本龌的遗传多样性研究AbstractThePCRtechniquewas

6、usedtoamplifythemtDNAD-Loopin20individualsofSpanishmackerelcollectedfromthesoutherncoastwatersoftheShandongPeninsula．ThePCRproductswereaccumulated，purifiedandsequenced．Asaresult，410bpnucleotidesequencesofpartialD-Loopgenewereobtained(theprimersandsomeoft

7、hemarginalsequenceswereexcluded)．ByusingGenedoctocomparethesequencesofthese20individuals，54variationsiteswereobserved，ofwhich2areofbasedeletion，lbaseinsertion，43transitionsites，7transversionsitesand2transition—transversionsites．Thepairwisegeneticdistance

8、swerecomputedbyMEGA．TheUPGMAandNJphylogenetictreewereobtainedthroughtheclusteranalysisoverthepairwisegeneticdistance．AsestimatedbyDNASP,thenumberofpolymorphicsites(固is54；thenucleotidediversity(Pi)andtheaveragenumberofnucle