rna-蛋白质复合物结构预测

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1、分类号学号D200977017学校代码10487密级博士学位论文RNA-蛋白质复合物结构预测学位申请人：黄阳玉学科专业：理论物理指导教师：肖奕(教授)答辩日期：万方数据万方数据AThesisSubmittedinPartialFulfillmentoftheRequirementsfortheDegreeofDoctorofPhilosophyinScienceComputationalpredictionofRNA-proteincomplexstructuresPh.D.Candidate:HuangYangyuMajor:TheoreticalPhysicsSuperviso

2、r:Prof.XiaoYiHuazhongUniversityofScience&TechnologyWuhan430074,P.R.ChinaMay,2014万方数据独创性声明本人声明所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除文中已经标明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果。对本文的研究做出贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到，本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留并向国家有

3、关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权华中科技大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在_____年解密后适用本授权书。本论文属于不保密√。（请在以上方框内打“√”）学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日万方数据万方数据华中科技大学博士学位论文摘要RNA-蛋白质相互作用在许多生命活动中有着至关重要的作用，如基因调控，RNA剪切和蛋白质合成。高精度的RNA-蛋白质复合体结构能够帮助我们深入的理解这些生命过程。但是，实验方法来解析RNA-蛋白质复合体结构十

4、分繁琐，而且需要耗费大量的时间和金钱。因此，通过理论的方法来预测RNA-蛋白质复合体结构就变得尤为重要。目前，基于理论的RNA-蛋白质预测方法还比较少。针对上述问题，我们提出了一套RNA-蛋白质复合体结构的预测方法3dRPC，其中包括RNA-蛋白质对接方法RPDOCK和RNA-蛋白质打分方法DECK-RP。本文的主要内容如下：1，RNA-蛋白质对接方法的研究。本文提出了一个基于快速傅里叶变换的RNA-蛋白质对接方法RPDOCK。我们在对接中充分考虑了RNA-蛋白质相互作用的几个特征：首先，RNA-蛋白质相互作用界面与蛋白质-蛋白质相互作用界面在原子堆积上不同；其次，静电在RNA-蛋

5、白质相互作用中有非常重要的作用；最后，碱基和芳香族侧链之间的堆积效应在RNA-蛋白质相互作用中也十分重要。2，RNA-蛋白质打分方法的研究。基于之前的工作，我们提出了一种距离和二级结构环境依赖的粗粒化统计势DECK-RP来对RNA-蛋白质对接结构进行打分。在DECK-RP中我们通过基于二级结构的残基类型来考虑蛋白质和RNA之间的多体作用和长程作用，并采用了摩尔分数校正参考态。关键词:RNA-蛋白质相互作用复合体结构预测对接打分非编码RNAI万方数据华中科技大学博士学位论文AbstractRNA-proteininteractionsplayanimportantroleinmany

6、biologicalprocesses,likegeneregulation,RNAsplicingandproteinsynthesis.High-resolutioncomplexstructurescanhelpusunderstandthesebiologicalprocesses.However,experimentaldeterminationofRNA-proteincomplexstructuresistedious,expensiveandtime-consuming.Therefore,it’simportanttodeveloptheoreticmethods

7、topredictRNA-proteincomplexstructures.Tillnow,therearefewmethodsdesignedforthepredictionofRNA-proteincomplexstructures.WedevelopedanovelprotocolforthepredictionofRNA-proteincomplexstructures,3dRPC,includingaRNA-proteindockingprocedure,R