基于linux系统生物学软件应用环境的构建new

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1、万方数据<农业网络信息>20lo年第12期研究与开发基于Linux系统生物学软件应用环境的构建于向鸿1，王佳2(1．中国农业科学院研究生院．北京100081；2．北京燃气集团输配分公司，北京100011)摘要：生物学软件是生物科学研究当中不可缺少的应用工具，很多种生物学软件都运行在开放的Linux操作系统上，AndLinux是一个基于Windows的UbuntuLinux系统。介绍了AndLinux的安装和使用，以及Linux系统下一些常用的生物学软件包。关键词：AndLinux；操作系统；生物学软件中图分类号：0212文献标识码：B文章编码：1672-6251【2010)12-0037

2、—03ConstructionofBio--softwareApplicationEnvironmentBasedonLinuxOperationSystemYUXianghon91，Wang．Iid(1．GraduateCoUegeoftheChineseAcademyofAgriculturalSciences，Beijing100081；2．GasTransmissionandDistributionBranchCo．BeijingGasGroupCo．，Ltd．，Bering100011)Abstract：Bio—softwareistheindispensabletoolint

3、hebiological吼udyandresearch，manyofwhicharerunningontheopenLinuxoperationsystem．AndLinuxisaUbuntuLinuxbasedonWindows．Inthispaper,theinstallationanduseofAndLinuxweredemonstrated，aswellassomecommonBio-softwarepackagesunderLinuxsystem．Keywords：AndLinux；operationsystem；bio-softwarepackage1引言生物学软件是生物科学

4、研究中不可或缺的应用工具。生物学科研领域的引物设计、分析都离不开生物学软件。通过使用生物学软件，可以轻松地设计出符合要求的引物、简便快速地进行DNA分析、RNA分析和蛋白多序列的分析比较等。不仅如此，它还可制作具有专业水平的图形图像。如质粒图谱、克隆表达载体构建图谱、限制性酶切片段图谱等。生物学软件的应用。为广大分子生物学研究人员的学习和勘验工作带来了极大的便利。2生物学软件简介2．1生物学软件的运行平台生物学软件大多运行在微软公司的Windows操作系统上，但是也有一部分生物学软件运行在开源的Linux和MacOS操作系统上。很多有实力雄厚的生物学软件都分别存在Windows、Linu

5、x和MacOS等系统平台上功能相同的不同版本。2．2生物学软件的发行版本与普通的应用软件相同。生物学软件的种类主要有纯商业软件(只提供软件功能演示)、商业共享软件(全部或部分软件功能但使用有限制)和免费软件。与商业软件相比。免费软件往往在用户界面、易用性和集成性方面略逊一筹，且商业软件在升级和技术支持等方面也有很大优势【IJ。因此，对于科研机构而言。在资金允许的情况下。最好选择商业软件。但对于大多数资金有限的从事生物学研究的科研人员、教师和学生而言，免费软件是通常更有吸引力。2．3开源操作系统LinuxLinux是一种开放、免费的操作系统，是一种经常使用的操作系统平台。在欧美等发达国家基

6、于linux的系统平台比较多，就国内情况而言，Linux系统和应用相对比较少，但是在生物学科研领域，基于Lin—UX系统的生物学软件还是比较多的．而且在在这方面的应用有越来越广泛的趋势。国际上一些著名的生物学科研机构和国内的华大基因研究院开发的生物学软件很多都运行在Linux系统平台下。作者简介：于向鸿(1972一)，男，硕士，助理研究员，研究方向：生物统计和生物数据分析。收稿日期：2010-10-29—37—万方数据《农业网络信息》2010年第12期研究与开发3“nux系统平台的搭建LinUX系统平台的搭建是这类应用系统运行的前提．基于Linux核心的产品很多。Ubuntu是当前Lin

7、．UX系统中最杰出的代表之一，包含很多优秀的应用软件．它以方便的图形化界面和集成的大量应用软件而深受用户喜爱。简而言之，它的使用基本上和Win．dows系统一样。只要通过鼠标的点击即可。也是最接近Windows用户使用习惯的Linux系统田。要安装Ubuntu。通常的方法是为Ubuntu划出专门分区和交换分区安装新的Linux操作系统，这样就要重新规划计算机的硬盘分区。一台计算机运行多个操作系统，而且安装和配置操作也比较复杂。And