核酸定量结构功能预测

《核酸定量结构功能预测》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、重庆大学硕士学位论文核酸定量结构功能预测姓名：赵巍申请学位级别：硕士专业：生物学指导教师：梁桂兆20091202重庆大学硕十学位论文中文摘要摘要随着人类基因组计划的完成，生物学研究己进入了后基因组时代，研究重点正从积累数据向解释数据转变。面对急剧膨胀的基因组序列数据，传统的生物学方法已很难满足需要。目前，生物信息学方法已成为核酸结构功能研究的重要手段。本文通过一种新的途径，即以广义碱基性质得分(SGBP)结合自交叉协方差(ACC)，线性判别分析(LDA)和支持向量机(SVM)建模，进行了DNA色谱保留指数、人类rnjI斟A、脊椎动物启动子和人类蛋白质

2、编码基因预测或识别，采用自检验、交互验证、外部验证等方法验证模型的预测能力。SvM建模所得结果如下。①DNA色谱保留预测：留一法得到的Q2钾可达到O．851，MSE为O．1123。②miRNA预测：交互验证J下确率(Acc)可达到77．29％。外部验证Acc可达到75．12％。灵敏度(Sn)和特异度(Sp)分别为70．51％和82．6l％，马修斯相关系数(MCC)为0．5160。③启动子预测：交互验证Acc可达到85．12％。外部验证Acc可达到86．55％。Sn和Sp分别可以达到91．65％和81．47％，MCC为O．7336。④人类的蛋白质编码基

3、因预测：交互验证Acc可达96．18％，外部验证Acc可达97．58％，Sn和Sp分别为97．28％和97．64％，MCC为O．9141。SVM建模结果均不同程度相当或者优于LDA建模所得结果。研究表明，SGBP．ACC组合方法能够较好表征核酸序列特征，其含信息量大且易操作，SGBP．ACC．SVM在核酸定量结构功能预测领域具有较好的前景。关键词：广义碱基性质得分(SGBP)，支持向量机(SVM)，线性判别分析(LDA)重庆人学硕士学位论文英文摘要ABSTRACTWitllmecompletionoftheh啪angenomeproject，biol

4、ogicalresearChh弱emeredmepost-genomeem．ResearchfocusisbeiI培movedfbmaccu】[Ilulationofda：tai11t0expl锄．ationofda：ta．11lebiologicmemodstmrdlytaucl(1ethewholeproblemwitlltlleexplosionofgeIloIIlicsequences．Atpresent，bioiIlf．omaticsh嬲becomeanimport趾tmethodforquantitatiVepredictionofstr

5、IJcturesand如nctionsofnucleicacids．111tllis、Ⅳork，、№deVelopedanew印pmachbycombimnganewfeaturer印resentationiIⅣolVillgscoresofgeneralizedbasepropertiescombined谢thautocmssc0V撕ance(ACC)，lineardis碰millaJlta11mysis(LDA)andsupponvectormacllines(SVM)topredictchromato铲aphicre白entiontimeofD

6、NA，a11dtoidenti矽humaIlmiRNAs，Vertebratepromoters，h啪觚exons．TheresultswereValidatedbyselfvalidation，cross—vaJidationandextemalvalidationmethods．ResultsbysVMmodelingareausfollows．①DNAchromato伊印mcretentionpredictionValidatedbyLOOCV：TlleresultsshoWedtherearethehi曲estQzcvofO．85l锄dlo、

7、VestMSEis0．1123．②miRNAprediction：ThememodSGBP-ACC—SVMgivesallaccuracy(Acc)of77．29％byacrossvalidatioll，锄Accof75．12％byextemalValidation，asensitiV时(Sn)of70．51％锄daspecific时(Sp)of82．61％．Andnlemamlewscorrelationcoemcient(MCC)isO．5l60．③promoterprediction：theAccfbmaCrossvali出【tionis85．

8、12％，theAcc，Sn，SpandMCC五∞mtestsetsare86．55％，91．65％，81．4