川牛膝全基因组高通量测序及初步数据分析

《川牛膝全基因组高通量测序及初步数据分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、万方数据SichuanAgriculturalUniversityMasterDissertationCyathulaOfficinalisKuanHigh-·throughputGenomeSequencingandPreliminaryDataAnalysisBy物nShenDirectedbyProf．TianMengliang(Genetics)Chengdu611130，Sichuan,P．RChinaJune，2014万方数据论文独创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行研究工作所取得的成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢

2、的地方外，学位论文中不包含其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得四川农业大学或其它教育机构的学位或证书所使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：ia桨≥D／争年参月，z-日关于论文使用授权的声明本人完全了解四川农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意四川农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。研究生签名：i穗，

3、导师签名：YD膨年g月，2日圳谚年6其

4、埔万方数据摘要J11牛膝(CyathulaofficinaiisKuan)是中国传统唪药材之一，也是苋科杯苋属植物中唯一在我国被大规模人工种植、开发利用的品种。但是，同其它中药植物一样，目前对川牛膝的研究仍主要集中在化学成分、品质监测、药理活性等方面，使用研究手段也仍然停留在实验生物学阶段，急需从更深入的角度进行研究和探索。目前高通量测序技术作为基因组学最重要的研究技术之一，被大量应用于作物研究方面。但是，由于其程序复杂，投入大，对于大量类似于川牛膝等药用植物来说，进行传统的高通量测序，完成整个流程需要耗费大量的资金。以目

5、前我国实际经济社会发展水平和产业基础来考虑，缺乏推广应用价值。因此，开发药用植物简化基因组从头测序流程，并评价其实际结果、考察其应该用推广价值具有了重大的研究意义。本研究通过小深度高通量测序及后续数据处理及分析，建立起了一套数据预处理技术。此外，还探索了不同数据组装方法对川牛膝小深度全基因组从头测序拼装结果的影响，并在最终数据中对影响』tl-牛膝品质的关键化合物合成通路上的相关基因进行了电子克隆。关键词：川牛膝、基因组、高通量测序、杯苋甾酮万方数据AbstractCyathulaofficinalisKuani§OneoftraditionalcNneseher

6、bsandtheonlyoneofcultivarsofAmaranthaceaeinchina，whichhavebeenwidelyplantedandwelldeveloped．Liketherraditionalchineseherbs，somemoredeeperstudiesareurgentlyneedtoexploreinCyathulaofficinalisKuan，apartfromchemicalandactivityanalysis．Asoneofmaintechniquesofgenomics，thenextgenerationsequ

7、ence(NGS)hasbeenwidelyappliedincropresearchbutrarelyinherbsincludeofCyathulaofficinalisKuan．Becauseitismoney．wastefulforthebiggestdevelopingcountrywhichhasmorethantenthousandherbs．Inthisthesis，anewdataanalysismethodhasbeenproposedbaseonasimple，economicNGSandcomparedthedifferentinflue

8、ncebetweennewmethodandconventionalmethods．Moreover，somegenesthatmaycontrolCyasteronesynthesisarebepointout．Keywords：CyathulaofficinalisKuan；genome；NGS；Cyasterone2万方数据目录1文献综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．11．1川牛膝相关研究综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．11．1．1资源现状⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．i1．1-2化学成分⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．21．1．3

9、药用价值⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯