综合神经肽信息数据库构建

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1、分类号学号M201371570学校代码10487密级硕士学位论文综合神经肽信息数据库构建学位申请人：王明霞学科专业：生物物理学指导教师：王燕副教授答辩日期：2016年5月17日万方数据AThesisSubmittedinPartialFulfillmentoftheRequirementsfortheDegreeofMasterofScienceAcomprehensiveresourceofneuropeptidesCandidate:WangMingxiaMajor:BiophysicsSupervisor:Prof.WangYan

2、HuazhongUniversityofScience&TechnologyWuhan430074,P.R.ChinaMay,2016万方数据独创性声明本人声明所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除文中已经标明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果。对本文的研究做出贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到，本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，即：学

3、校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权华中科技大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在_____年解密后适用本授权书。本论文不保密□。属于（请在以上方框内打“√”）学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日万方数据华中科技大学硕士学位论文摘要神经肽（neuropeptide）是生物体内的一类活性多肽，在细胞间通讯起关键作用的信号分子。许多研究表明，神经肽参与许多生理过程，并且在很多神经系统

4、疾病的靶向治疗中起重要作用。通常情况下，神经肽通过激活细胞表面的受体发挥作用。除了心房肽（atrialnatriureticpeptide,ANP）受体以外，其他神经肽受体都属于G蛋白偶联受体（Gprotein-coupledreceptor,GPCR）。神经肽信号传递是一个非常复杂的过程，一个神经肽可以与一个或者多个受体结合，不同的神经肽可以与同一个受体结合，不同的神经肽也可以与多个受体结合。近几十年来，越来越多的神经肽和神经肽受体被发现，亟需建立一个综合的神经肽信息数据库。收集来自于医学文献数据库（MEDLINE）、UnitProt

5、及现有神经肽数据库www.neuropeptides.nl、Neuropedia中的神经肽。通过阅读文献和检索数据库，收集了65个神经肽家族，并对每一条神经肽进行注释；同时通过检索UnitProt数据库，然后使用HMMER3.0进行隐马尔可夫模型（hiddenMarkovmodel,HMM）验证得到44个神经肽家族的受体；然后将神经肽和神经肽受体进行匹配，建立神经肽-受体对。我们共收集了632个物种、65个家族的6888条神经肽，396个物种、44个家族的2146神经肽受体以及2112个神经肽-受体对。数据收集完成以后，设计构建神经肽数

6、据库NeuroPep。该数据库不仅提供了神经肽、神经肽受体及神经肽-受体对的在线浏览、初高级查询和统计分析，还提供了BLAST和CLUSTALW序列比对以及映射等功能。神经肽和神经肽受体的注释信息都包括名字、物种、家族、组织特异性、细胞亚定位、功能、UniprotID、转录后修饰、GO、序列、结构以及参考文献等，还可以超链接到Uniprot和NCBI的Taxonomy数据库，方便用户查找相关的其他信息。该数据库是目前最完整的综合神经肽数据库，所有的数据都经过人工筛选校正。数据库另一个突出的特点就是建立了神经肽-受体对，可以通过内部超链接

7、方便的查看受体或者配体信息。关键词：神经肽神经肽受体G蛋白偶联受体BLAST隐马尔可夫模型I万方数据华中科技大学硕士学位论文AbstractNeuropeptidesareagroupofbiologicallyactivepeptideswhichareproducedandreleasedbyneurons.Neuropeptidesrepresentaclassofcell•cellsignalingmoleculesandplayimportantrolesinmanyphysiologicalprocessesandthera

8、pyofnervoussystemdiseases.Ingeneral,neuropeptidesactviaactivationreceptors.MostrecpetorsareGprotein-cou