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《基于cygwin实现生物信息学软件从unix_linux向windows移植》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、生物信息学任技木与方法基于实现生物信息学软件从向移植张成岗军事医学科学院放射医学研究所,北京治远山栩环境下提供对,垃盯的以。摘要灿可在垃刀玩环境的模拟与支持具有较为完善的工具包和编程环境利用、、、互卿血对常用的生物信息学数据分析软件如讲月刃次此心如州几拌如血应巴刀叮刃生介肠任卫和口因司等进行重新编译,发现通讨该方式能够获得运桃环,址如阳环境优势的同时进行跨平台生物信息可在境下运行的可执行代码为利用不学数据分析平台的开发提供重要参考价值。关健词,俪址访如面呢生物信息学程序移植中一刀一刃巧一以圈分类
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3、西。加目世仙台加云刃节汽闭浏喇二二呱诩叮为,向山远如湘山而加‘代名加叨即加正邝初在基,生物信息学企业产品,。因组时代以及后基因组时代需要用户支付一定的费用在当前软件。、,显然已成为解码生命的核心学科之一虽然基于源代码开放免费软件流行的时代已出现一系列在垃’山操作系统从事生物信息研究以及相关软司协议件开发是首选,但是由,于环境的图形界面许可下可免费使用的软件或者工具平台例如饥及其易用性等优势而仍然拥有较多的用户,因此通俪来自于加撇的缩写、加的以环,可在访常也需要将一些州境下的软件移植到等初环境下提
4、供对环境的模。··环境下使用在生物信息学软件开发环境拟与支持即刀即叨,刀甲,过刃访,一阴。方面一方面可在下直接完成开发过程州曲翻河粗园加另一方面也可先在环境下完成开发后移植最初由公司开发,后由司公司接管并维,加一,。到对恤下工作因此也需要一个良好的护并使其成为标准的免费软件对,面进。,,,下的址山模拟环境同时从事生物信行仔细分析发现在能够获得软件源代码的情况下息学软件开发方面所存在的为以与肠基于卿咖可实现多种生物信息学软件在户下的程序移植问题一直是一个难题,有时由,、月刃从、庆刁、即、于极难环境
5、下的重新编译例如以刃,找到一个合适的头文件而无法实现程序城和口园等从而为在。。,的跨平台工作目前虽然已出现了一些工具软件可环境下使用这些软件提供了极大的方便同时将血与操作系统集成在同一个计算机,俪所提供的一系列伺服服务也可为构建基于环境中,例如些三业型二卫竺些二卫呵、的生物信息学数据分析平台提供重要保、,。、、卯吵师衅耽“卿僻汤以障例如伴记粥安全服务机制卿服务卿三竺里巴二二,、,。恤迎卫史些竺叫等然而这些软件多为服务拌编程环境等现报导如下二一一收稿日期刀璐巧刀,以刀,,若金项目国家重点基础研究发
6、展计划盯计划么田驯刃国家高技术研究发展计划计划人人差目卫加工人月妇国家海外育年学者合作研究基金即,国家自然科学基金重大专项,花幻,别刀刃国家自然科学基金重大研究计划优曰国家汉,,。自然科学基金面上项目叨印田刀印佣以北京市科技计划重大项目刃即‘盯劝叮一,,,,,一叹刃,‘邵。作者筒介张成岗卿男副研究员陕西白水研究方向神经生物学与生物信息学粗。期一灿‘腼生肠信息学第寒“”,“一译器指向因此可采用命令邵、”“”“”娜的下载安装与运行在目录下建立一个指向的“”,。符号链接避免进行程序编译时的错误聊酬是一
7、个可在下,典型生物信息软件在加下的运行并提供类似于灯的环境平台主要。包括两个部分一个动态链接库咖编译与安装,,,提供应作为模拟层用编程口,接兽扭玩甘功能而、,下面以几个例子户沮一系列相关程序工具提供类似于命令、、、、、口。僻来说行界面和窗界面该动态链接库支持自。〔明常用生物信息学软件在的编译与应用以来除外的所有操卿·。二出哪洋在加下的编译作系统因此在通常的刀。与设置环境下可顺利安装、邵发行版版本号一出灿’软件是常用的测序峰图读取序列最新的。〔‘〕,。识别与序列装配软件喇其是于年月日发行的咖并未提
8、供一。个完整的下载包,其组件以或部压缩包获取方式可参考作者以前的文献当通过授权,获得软件的方式先用打包再用或脚压缩在“一一。一”,“加官方网站或其镜像网站刀尸们耐喇以后用指令,”。,一一一切改里些竖迎型发布其安装方式有两种一种是当拥叫即可将,“”。有较好的联网条件下直接运行网上的安装程序其释放并直接编译生成可执行文件喇“一一一”欲,软件肠,咧叩通过网络安装否则可将所需的软件包下载到下载者的计算机上进的编译也比较,“一。,简单可直接通过户阮行安装下载时可由该程序引导进行也·一”,可直接使用多线程下
