原核生物调控模体和调节子预测算法研究

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1、万方数据分类号：密级：Ol5-1公开◎∥单位代码：学号：104222鲫¨1)]第办誊博士学位论文ShandongUniversityDoctoralDissertation论文题目：压踱兰峙jfl诚捏粳坤伞讽彳寻倾剥写么矾觅0hn“冼1R均认I砒1从9译鲫d阳饥l吣。；nK太叫。证G【伽眦sJV作者姓名虽!!)学院名称盏鲎望王氲专业名称壹薹鐾壹幽佥指导教师查虱歪熬遗合作导师MIq年‘1月谚日万方数据山东大学博士学位论文2万方数据原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他

2、个人或集体已经发表或撰写过的科研成果。对本论文的研究作出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律责任由本人承担。论文作者签名：2訇_日期：Zo／'r．『f．z6关于学位论文使用授权的声明本人完全了解山东大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留或向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅；本人授权山东大学可以将本学位论文全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文和汇编本学位论文。(保密的论文在解密后应遵守此规定)论文作者繇耻导师签础期：刎．z6万方数据山东大学博士学位论

3、文2万方数据中文摘要英文摘要目录第一章背景知识1．1原核生物中基因的表达与调控．。。．。．．．．。．．．．．．．．1．2调控模体的表示与预测算法、．．．．．．．．．．．．．．．．．．．1．3直系同源关系与系统发生足迹法．．．．．．．．．．．．．．．．．1．4本论文的组织结构．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．第二章模体预测与分析软件工具包BoBr02．02．1简介．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2．2技术方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2．2．1BBR：在全基因组规模上从预测出的模体集合中过

4、滤噪声的新方法。．．．。。．。。．．．．．．．．．．．。．．．2．2．2BBS．基于p-value对一个查询模体实例的搜索和排序．2．2．3BBC．模体比较和聚类．．．．．．．．．．．．．．．．．．2．2．4BBA：模体共存在分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．2．3数据准备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2．4结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2．4．1BoBr02．0能够在全基因组范围上准确有效的预测出调控模体．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．BBS能够比FIMO更准确的识别出

5、模体实例．．．．．．BBC能够比TOMTOM更准确的识别出模体聚类．．．BBA能够识别出起共同调控作用的转录因子．．．．．．141516192025262829．一vl3781l4)X1l234J

6、j北鹳“嚣2幺幺总瓦u2万方数据山东大学博士学位论文第三章全基因组范围原核生物调节子预测的新方法313．1简介．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．313．2数据和方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．323．2．1数据准备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．323．2．2通过比较基因组进行直系同源基因预测．

7、．．．．．．．．343．2．3系统发生足迹法中同源操纵子和相应调控序列的确定．343．2．4操纵子对之间共调控分数的计算．．．．．．．．．．．．．353．2．5通过对操纵子的聚类预测调节子．．．．．．．．．．．．．353．2．6局部相关性得分和基因功能相关性得分的计算．．．．．363．3结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．373．3．1直系同源操纵子为系统发生足迹法预测模体提供有效3．3．23．3．33．4讨论第四章4．14．24．34．44．5信息．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37共调控得分能够准确反映出操

8、纵子对之间的共同调控关系．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37调节子预测结果与RegulonDB中已知调节子的比较．．40．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43操纵子数据库DOOR2．045简介．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45数据库升级．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47DOOR2．0的新特性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．494．3．1整合转录单元数据．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．494．3．2整合了转录调控元素．．．．．