生物信息学与系统生物学

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1、生物信息学与系统生物学章祥荪吴凌云王勇张世华中国科学院数学与系统科学研究院http://zhangroup.aporc.org生物信息学基础知识吴凌云中国科学院数学与系统科学研究院http://zhangroup.aporc.org大纲•序列比较与分析•基因与Motif预测•单体型组装与推断•蛋白质结构与功能•基因组变异分析•高通量技术课程信息•http://doc.aporc.org/wiki/Course001课程目标•什么问题（whatproblems）•如何解决（howtosolve）•关键技术（keycomputationaltechniques）•多大作用（howmuchhel

2、p）生物信息学与系统生物学三级分析例：系统生物学二级分析例：序列比对、结构预测初级分析例：实验室管理系统、实验数据处理信息基础设施例：计算服务器、数据库研究对象•DNAandRNA•Protein•Functions–Regulatory–Interactions•Signals•ExperimentalData数学模型•Sequences–DNA,RNA,Protein•Structures–DNA,RNA,Protein•Networks–Protein-ProteinInteractions,GeneRegulatory,SignalingPathway数学方法(1)•Statist

3、icsandProbabilistic,e.g.hiddenMarkovmodel(HMM)insequenceanalysisandgenefinding•OperationsResearch,e.g.dynamicprogramming(DP)insequencealignment•MathematicalProgramming,e.g.linearprogrammingandnon-linearprogramminginproteinstructurepredictionanddockingproblem数学方法(2)•Topology,e.g.inproteinstructurec

4、omparison•FunctionalTheory,e.g.FouriertransformandWaveletinproteinstructurecomparison•InformationTheory,e.g.insequencealignmentandproteinstructureprediction数学方法(3)•ComputationalMathematics,e.g.differentialequationinmoleculardynamicsandproteinfoldingproblem•GroupsTheory,e.g.ingeneticcodesandDNAsequ

5、enceanalysis•Combinatory,e.g.inmolecularevolutionandDNArearrangementJournals(1)•Explicitlyincludingword“Bioinformatics”injournalname–Bioinformatics–BMCBioinformatics–AppliedBioinformatics–BriefingsinBioinformatics–JournalofBioinformaticsandComputationalBiology–Genomics,Proteomics&Bioinformatics–…J

6、ournals(2)•Otherbiologicaljournals–NucleicAcidsResearch–GenomeResearch–Genomics–JournalofMolecularBiology–JournalofComputationalBiology–ComputationalBiologyandChemistry–MolecularBiologyandEvolution–BioTechniques–BioTechnologySoftware–…InternationalConferences•WABI:InternationalWorkshoponAlgorithms

7、inBioinformatics•RECOMB:InternationalConferenceonResearchinComputationalMolecularBiology•ISMB:InternationalConferenceonIntelligentSystemsforMolecularBiology•ICSB:InternationalConferenceonSystemsBiology•CSB:IEEECo