限制性片段长度多态性(restriction fragment length

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2、螄螆羀蒂螃衿膆蒈螂肁罿莄螁螁芄芀螀袃肇蕿蝿羅节蒅蝿肈肅莁袈螇芁芇蒄衿肄膃蒃羂艿薁蒃螁肂蒇蒂袄莇莃蒁羆膀艿蒀肈羃薈葿螈膈蒄薈袀羁莀薇羃膇芆薇蚂羀膂薆袅膅薁薅羇肈蒆薄聿芃莂薃蝿肆芈薂袁节膄蚁羃肄蒃蚁蚃芀荿蚀螅肃莅虿羈莈芁蚈肀膁薀蚇螀羄蒆蚆袂腿莂蚅羄羂芈螅蚄膈膄螄螆羀蒂螃衿膆蒈螂肁罿莄螁螁芄芀螀袃肇蕿蝿羅节蒅蝿肈肅莁袈螇芁芇蒄衿肄膃蒃羂艿薁蒃螁肂蒇蒂袄莇莃蒁羆膀艿蒀肈羃薈葿螈膈蒄薈袀羁莀薇羃膇芆薇蚂羀膂薆袅膅薁薅羇肈蒆薄聿芃莂1.RFLP限制性片段长度多态性(restrictionfragmentlengthpolymorphism，缩写RFLP)技术的原理是检测DNA在限

3、制性内切酶酶切后形成的特定DNA片段的大小。因此凡是可以引起酶切位点变异的突变如点突变（新产生和去除酶切位点）和一段DNA的重新组织（如插入和缺失造成酶切位点间的长度发生变化）等均可导致RFLP的产生。技术路线：不同个体DNA的提取酶切凝胶电泳分开DNA片段转膜Southern杂交数据分析PCR扩增目的片断缺点：RFLP分析对样品纯度要求较高，样品用量大，且RFLP多态信息含量低，多态性水平过分依赖于限制性内切酶的种类和数量，加之RFLP分析技术步骤繁琐、工作量大、成本较高，所以其应用受到了一定的限制RFLP原理图示：2.RAPD原理：RAPD技术的全称是随机扩增多态

4、性DNA(RandomAmplifiedPolymorphicDNA)，此技术建立于PCR基础之上，使用一系列具有10个左右碱基的单链随机引物，对基因组的DNA全部进行PCR扩增，以检测多态性。由于整个基因组存在众多反向重复序列，因此须对每一随机引物单独进行PCR。单一引物与反向重复序列结合。使重复序列之间的区域得以扩增。引物结合位点DNA序列的改变以及两扩增位点之间DNA碱基的缺失、插入或置换均可导致扩增片段数目和长度的差异，经聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶电泳分离后通过EB染色以检测DNA片段的多态性。原理示意图：若位点2处碱基发生改变，则技术路线：DNA的提取PCR反应

5、凝胶电泳选择随机引物图谱分析RAPD的缺点：RADP图谱中某些弱带重复性较差，而且目前该法在引物长度和序列及应用的引物数目、扩增反应条件等实验技术方面未标准化，影响了不同条件下结果的可比性；每个标记含有的信息量小；有假阳性或假阴性结果；显性标记，无法区分从一个位点扩增的DNA片段是纯合的还是杂合的，无法进行等位基因分析。用在种以上类群间的比较时无法得到可靠的遗传距离3.AFLP原理：AFLP的全称是扩增片段长度多态性（AmplifiedFragmentLengthPolymorphism）,此技术是建立在基因组限制性片段基础上的PCR扩增。由于不同物种的基因组DNA大

6、小不同,基组DNA经限制性内切酶酶切后,产生分子量大小不同的限制性片段。使用特定的双链接头与酶切DNA片段连接作为扩增反应的模板,用含有选择性碱基的引物对摸板DNA进行扩增,选择性碱基的种类、数目和顺序决定了扩增片段的特殊性,只有那些限制性位点侧翼的核苷酸与引物的选择性碱基相匹配的限制性片段才可被扩增。扩增产物经放射性同位素标记、聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,然后根据凝胶上DNA指纹的有无来检出多态性.原理示意图：(1)．(2).(3).(4).(5).(6).(7).技术路线：AFLP的缺点：此技术受到专利保护，应用受到限制，试剂盒价格昂贵。另外，操作中通常要利用同位素标

7、记，对样品DNA质量要求严格。4微卫星SSR（simplesequencerepeats）原理：微卫星DNA是一种广泛分布于真核生物基因组中的串状简单重复序列，每个重复单元的长度在1—10bp之间，常见的微卫星如TGTG……TG=(TG)n或AATAAT……AAT=(AAT)n等，不同数目的核心序列呈串联重复排列，而呈现出长度多态性。在基因组中，因每个SSR序列的基本单元重复次数在不同基因型间差异很大，从而形成其座位的多态性。而且每个SSR座位两侧一般是相对保守的单拷贝序列，据此可设计引物，其关键是首先要了解SSR座位的侧翼序列(FlankingRe