《生物大分子模拟》doc版

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1、周一下午生物大分子模拟化学基地班2012301040...12-3-1获得PDB号为“1HCK”的蛋白，并采用不同的模型观察其结构特点。文献：TheinformationisprovidedbyChineseJournalofNewDrugs2011，20（17）12.2分子对接周一下午12-3-1在样本文件中，创建冰的晶体结构，分别做温度为260K,273K,298K,373K下的分子动力学模拟，观察晶体结构的变化情况并作定性解释。温度/K优化结构晶体结构总能量与势能随时间变化图定性解释260在260K下，晶体结构

2、横向拉长，纵向靠拢。273在273K下，晶体结构近似球形，有一个水分子的一个氢键断裂。周一下午298在298K下，晶体结构下方氢键较长，水分子之间距离较远，上方水分子之间距离拉近。373在373K下，晶体结构横向拉长，晶体结构下部氢键断裂，变成两部分。总结：变化：随着温度的升高，晶体结构变得越来越不规整。随着温度的升高，体系总能量越来越大，势能也越来越大。定性解释：随着温度的升高，冰晶体的稳定结构逐渐被破坏，氢键也逐渐发生变化，冰晶体逐渐向液态水转变。实验心得1、蛋白质所包含的原子数众多，此处要突出金属离子及氢键，因

3、此将有金属离子的部分用球棍模型表示其它均使用键线式，容易辨认指认的两个氨基酸片段。在摆放过程中要注意显示出氢键的长度。2、在实验过程中比较难的是用origin做出总能量和势能随时间变化图，在实验过程中要注意加氢和检查原子类型。在设置动力学模拟控制参数时要仔细，最后得到总能量与势能随时间变化图之后，可以清晰地观察到升温过程和最后达到平衡的能量变化。