svm分类模型在癌症突变辅助诊断中的应用

《svm分类模型在癌症突变辅助诊断中的应用》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、SVM分类模型在癌症突变辅助诊断中的应用重庆大学硕士学位论文（学术学位）学生姓名：吴裕豪指导教师：何中市教授专业：计算机软件与理论学科门类：工学重庆大学计算机学院二O一四年四月TheApplicationofSVMclassificationmodelintheauxiliarydiagnosisofcancerAThesisSubmittedtoChongqingUniversityinPartialFulfillmentoftheRequirementfortheMaster’sDegreeofEngineeringByWuYuhaoSuperv

2、isedbyHeZhongshiSpecialty:ComputerSoftwareandTheoryCollegeofComputerScienceofChongqingUniversity,Chongqing,ChinaApril,2014重庆大学硕士学位论文中文摘要摘要癌症往往伴随着恶性肿瘤的产生，严重危害人类的健康和生命安全。随着癌症诊疗技术的飞速发展，肿瘤组织细胞是否发生EGFR(EpidermalGrowthFactorReceptor)突变逐渐成为十分重要的诊断指标，对病人的临床靶向治疗有极大影响。本文的工作是探讨针对癌症突变进行辅助诊

3、断的方案，通过与重庆大坪医院合作，具体研究方向为脑部肿瘤突变的辅助诊断。现有诊断方法是对病人进行脑部手术，提取病人脑部样本组织进行基因序列检测来获取结果，会给病人带来额外的负担与风险。同时对于患者有多种癌症的情况，现有方法忽略了不同癌症之间发生突变的潜在联系，最终分类结果也易受到临床数据中噪声的影响。本文针对以上问题进行研究，主要工作如下：①提出了一种融合多种癌症病例的突变辅助诊断方案。由于肺部肿瘤突变较容易诊断，本方案首次将肺部肿瘤突变作为自变量引入，并结合其他临床特征进行患者脑部肿瘤突变的辅助诊断，将两种不同癌症病例结合起来，研究其中潜在的联系。

4、本文首先通过卡方检验对临床数据进行显著性分析，结果表明肺部肿瘤突变对应的P值小于0.01，具有显著性差异，因此肺部肿瘤突变与脑部肿瘤突变紧密相关。同时，本文采用SVM算法构建脑部肿瘤突变分类模型，针对是否引入肺部肿瘤突变情况进行了对比实验，实验结果表明两者在敏感度(Sensitivity)指标上结果相当；而在准确率(Accuracy)、特异性(Specificity)及AUC值(曲线下面积)三个指标上，引入肺部肿瘤突变的实验结果更优。②结合以上辅助诊断方案，在构建分类模型之前，加入对临床数据的特征提取过程。通过对临床数据进行特征提取，可以过滤其中的噪

5、声以改善诊断效果。本文研究中结合真实临床数据，采用多种特征提取算法进行了实验对比，包括LDA算法(线性判别式分析)、PCA算法(主成分分析)及FA算法(因子分析法)。同时将以上结果与未进行特征提取的实验结果进行比较，发现采用LDA进行特征提取对应的实验结果最优，在敏感度、准确率、特异性及AUC值四个指标上具有较大改善。③结合本文提出的辅助诊断方案，实现了一套脑部肿瘤突变辅助诊断系统。以上工作主要创新点在于将肺部肿瘤突变引入模型构建，来对脑部肿瘤突变进行分类。关键词:辅助诊断，特征提取，分类，应用系统I重庆大学硕士学位论文英文摘要ABSTRACTCan

6、cerisoftenaccompaniedbythemalignanttumors,whichareseriousharmfultohumanhealthandlife.Withtherapiddevelopmentoftechnologyforcancerdiagnosisandtreatment,whetherthetumorhasoccurredEGFR(EpidermalGrowthFactorReceptor)mutationisbecomingaveryimportantdiagnosticindicator,whichhassignif

7、icantimplicationsforthetargetedtherapyofclinicalpatientsTheresearchesofthispaperareconductedtoexploreanewschemeforthediagnosisofcancermutation.Andthespecificresearchdirectionisfocusonthediagnosisofbraintumormutation,throughthecooperationwithChongqingDapinghospital.Theexistingdi

8、agnosismethodsneedtoperformbrainsurgeryonpatients,toge