棉花sscp标记的开发及产量和纤维品质性状的qtl定位

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1、华中农业大学硕士学位论文棉花SSCP标记的开发及产量和纤维品质性状的QTL定位姓名：李帅阳申请学位级别：硕士专业：作物遗传育种指导教师：喻树迅201206棉花SSCP标记的开发及产量和纤维品质性状的QTL定位摘要陆地棉和海岛棉作为栽培种，分别占全世界产量的95％3132％左右。陆地棉具有高产和环境适应性强的特点，海岛棉具有纤维品质优良的特点，将海岛棉中优质基因转移到陆地棉栽培品种中，培育高产优质的棉花品种是目前棉花育种工作的重要目标。SNP位点在基因组中普遍存在，大约每lkb就有一个碱基变异，因此SNP标记在棉花连锁图谱的构建和MA

2、S研究中将有重大的影响。单链构象多态性(Singlestrandconformationpolymorphism，SSCP)技术是一种新型的分子标记分析技术，能够检测出单核苷酸的变异，因而被作为一种检测SNP的方法。SSCP具有丰富的多态性、强的遗传稳定性和高的覆盖密度等特点，能够对在一定程度上棉花分子标记的多态性进行丰富。本研究是利用纤维发育相关基因的comigs设计引物，开发SSCP分子标记，并进行陆海高代回交重组自交系连锁图谱的构建，挖掘重要农艺性状的QTL，从而为精细定位及分子标记辅助选择奠定基础。本研究的主要进展有以下几个

3、方面：1、根据纤维发育相关基因设计了137对SSCP引物，其中有65对引物在8个材料间表现出多态性。对部分SSCP引物的多态性条带进行测序，结果表明PCR扩增目标片段中存在SNP位点。2、255对SSCP引物在两个亲本和群体间筛选多态性，其中72对引物在群体中得到多态性，共得到得到103个标记。3、使用Joinmap4．0对579个标记位点进行遗传连锁图谱的构建。最后得到包含409个标记位点，总长为2054．33cM，平均长度为5,02cM的连锁图谱。该图谱占棉花基因组总长度的41．09％，平均长度为5．02cM。在103个SSCP

4、标记中，共有57个标记进入连锁群，其中有18个标记被定位到染色体上。4、利用WinQTLCart2．5中的复合区间作图法对衣分、铃重、籽棉产量、皮棉产量、纤维长度、纤维整齐度、纤维伸长率、马克隆值、纤维比强度等性状进行QTL位点扫描，在4个环境中共检测到81个QTL位点，其中产量性状定位到35个QTLs，纤维品质性状46个QTLs。5、6个QTL位点(qFL一28—1，qFL一34—1，qFM一52—2，qFM一52—3，qFE一4—1，qFS．56．1)在两个环境下均能检测到，且均与纤维品质有关。4个QTLs：qFM．52．2，q

5、FM．52．3，qFE．4．1，qFS．56．1不仅表型贡献率>12％，而且能够同时在两个环境下检测到，可以用于进一步研究分析。6、得到与5个QTL区间紧密相连的8个SSCP标记，ANN3．3与qBW-22．1紧密相连，ANN8-2、DGAT4．1和DGATl1．1与qFU．24．1紧密相连，G11．24与qFU．29—1一华中农业大学2012届硕士研究生学位论文———————————————————————————————————————————————————————一紧密相连，PEPC5—1与qFE一29-1紧密相连，ANNl

6、．3、ANNl．4与qBW-40．1紧密相连。关键词：棉花；单链构象多态。l生(sscP),SNP；陆海回交白交系；QTLsII棉花SSCP标记的开发及产量和纤维品质性状的QTL定位ABSTRACTUplandcottonandsea．islandcottonarethemaincultivatedspeciesandprovidesmorethan95％and2％oftotalproductionintheworld．Uplandcottonhasthecharacterofmghyieldandstrongadaptabilit

7、ytoenvironment，sea-islandhasthecharacterofexcellentfiberquality,andhowtotransferhighqualitygeneofsea—islandtouplandcottoncultivatedspecies，，andbreedcottonvarieties埘thlli曲qualityandyieldistheimportantgoalofcottonbreedingatpresent．Inthegenome，theSNPsitegenerallyexits，and

8、thegenomehasabasevariationeverylkb，SOtheSNPmarkerwillhavesignificantinfluenceintheconstructionofcottonlinkagemapandre