微卫星与snp标记技术在猪亲子鉴定中的有效性研究0

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1、万方数据论文独创性声明IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIJ0121352本人郑重声明：所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行研究工作所取得的成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，学位论文中不包含其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得四川农业大学或其它教育机构的学位或证书所使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：山lq年移6月f湘关于论文使用授权的声明本人完全了解四川农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文

2、的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意四川农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。丞论文不保密。(请在以上口内划‘t、／”)研牲豁尽融导师签名：·中谚口本论文保密，在一年解密后适用本授权。bI伞年06月／怕·知，I

3、c年歹月痧目万方数据摘要本试验采用PCR方法结合毛细管电泳技术，利用15对国际通用的微卫星引物对长白猪和约克夏猪两个家猪品种及其杂种后代长大二杂猪共5个个体进行扫描，根据微卫星标记的遗传多样性指标，分析遗传标记多态性与亲缘关系之间的关联性。同时，采用IlluminaP

4、orcineSNP60芯片进行SNP分型，对杜洛克猪、长白猪和约克夏猪三个家猪品种和一个野猪品种(藏猪)及其杂种后代长大二杂猪、杜长大三杂猪、杜藏二杂猪共24个个体进行全基因组扫描，探讨单核苷酸多态性对亲缘分析中个体识别有效性的影响。对比微卫星和SNP两种遗传标记在猪亲缘关系鉴定领域中的优点和局限，优化微卫星亲子鉴定的标记组合，探究SNP亲子鉴定所需的最少和最优位点数目。主要研究结果如下：1．确定了SW240、SW72、S0301、S0005、S0101、S0070、SW951、S0090、SW398、SW857、SW886、S0355等12个可作为猪亲子鉴定的微卫星

5、标记组合。2．用己筛选出的12个微卫星位点作为标记组合对上述的5个样本进行亲缘鉴定，得到同一父缘的两个家系，置信度均超过80％。3．确定了保证猪亲子鉴定准确性和有效性所需的最少SNP位点数为30个，根据最简化原则确定最优位点数为120个。4．用SNP标记对全部24个样本进行亲缘鉴定，得到2个三代的血缘关系和1个两代的血缘关系系谱，置信度可达99．99％，与系谱记录完全一致。本论文建立的微卫星标记体系在亲缘鉴定、法庭科学、动物生产育种领域具有重要的意义，对辅助建立健全正确完整的系谱资料、纠正潜在的错误系谱、确保我国现有种畜的真实身份、科学引种、选配等具有应用价值和实际意

6、义。关键词：猪；微卫星；SNP；亲缘鉴定万方数据ABSTRACTCombiningthetechniqueofPCRandthefluorescentautomateddiction，wescanned15microsatellitesamongfiveindividualsoftwodomesticpigbreeds(LandraceandYorkshire)andtheirhybridbreed．Usingthegeneticinformationofthe15microsatellites，wethenstudiedphylogeneticrelationshi

7、panditscorrelationwithgeneticdiversity．Atthesametime，weappliedIlluminaPorcineSNP60chiptodistinguishthegeneticgenotypeof24individuals，includingthreedomesticpigbreeds(Duroc，LandraceandYorkshire)，onewildpigbreed(Tibetanpig)andtheirhybridbreed(LY，DLY，DT)．ThegeneticdiversitiesofSNPswerediscu

8、ssedandthenusedtostudyhowSNPamountinfluencedtheeffectivenessofparentageanalysis．Bycontrast，weanalyzedtheadvantagesandlimitationsofmicrosatellitemarkerandSNPmarker，optimizedthecombinationofmicarosatellitesandexploredtheleastandoptimalSNPamountsweneededinparentagetestsandindividu