学会这些生物学使用技巧,让你的工作效率提高90%!

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1、学会这些生物学使用技巧，让你的工作效率提高90%！做科研的，每天都要和生物学软件打交道，难免遇到各种奇葩问题。但实际上，很多软件都有特别的使用技巧，比如下面这些。Q1.怎么查找序列保守区？A1：很多人查找序列保守区，一般通过序列多重比对后，肉眼判断序列保守区，但此法难免太主观，不具重复性，且选择的保守区无法受统计上的显著性检验。其实，实现这一目的，可以使用DnaSP-->“Analysis”-->“ConservedDNAregion”...（小编注：设计简并引物，用此法，简单易用，强烈推荐...）Q2.多个FASTA格式保存的单条序列如何批量快速合并为一个文件？A2：一条条添加，

2、费时费劲，且容易出错。解决的办法有两个：一是可以通过DNAMAN的“多重序列比对”后导出功能，即：添加序列所在的目录，或全选相关文件，进行多重比对，导出Clustalaln文件，然后再转换为FASTA；二是使用我们2012年新开发的序列火枪手套件的“SeqMerger.exe”即可快速实现合并。Q3.如何解决Clustalx多重比对（*.Aln格式）后转为MEGA格式时提示出错的问题？A3：检查所转换MEGA的*.meg文件最后几行内容是否有*号，全部删减之即可。因为Clustalx多重比对后，程序会自动添加一致序列。Q4.为什么DNAMAN软件的很多功能菜单都显示无法使用？A4：

3、DNAMAN软件的精华在于通道（Channel）的应用，遇到功能菜单呈灰度无法使用时，不妨将序列载入通道后再试试...（Soeasy!）Q5.如何让多重比对美观显示又不占篇幅？A5：推荐使用WebLogo（http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi）或SequenceLogo之类的在线工具处理。其实这类工具还有一个妙用－可用于设计简并引物，简并序列一目了然，如下图的第7个碱其位点，G/A=R。（这就是传说中的小而美，有木有！）Q6.如何在多重比对序列的上方显示对应的蛋白质二级结构？A6：使用ESPript（http://espript.ibcp.fr/

4、ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi）对多重比对序列着色的同时，上传预测的蛋白质结构文件*.pdb即可，效果如下图所示。Q7.如何批量将核苷酸序列翻译为蛋白质序列？A7：推荐使用MEGA中的AlignmentExplorer，先将待翻译的序列以FASTA格式保存，鼠标右键“打开方式”选择用MEGA打开，在MEGA界面点击“TranslatedProteinSequence”即可(下图箭头指示位置)，最后在“Data”菜单导出序列保存：（……待续，本文来自Raindy）今天推出生物学软件使用技巧上集，下集请留意关注基迪奥生物微信喔~