基于java+websnps的分析网站设计

《基于java+websnps的分析网站设计》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、ThesisSubmittedtoTianjinUniversityofTechnologyfortheMaster’sDegreeThedesignofSNPsanalysiswebsitebasedonJAVAWEBByHanYichengSupervisorProf.GaoQiangProf.YuFuLiFebruary2016万方数据独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作和取得的研究成果，除了文中特别加以标注和致谢之处外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得天津理工大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我

2、一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。学位论文作者签名：签字日期：年月日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解天津理工大学有关保留、使用学位论文的规定。特授权天津理工大学可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，并采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编，以供查阅和借阅。同意学校向国家有关部门或机构送交论文的复本和电子文件。（保密的学位论文在解密后适用本授权说明）学位论文作者签名：导师签名：签字日期：年月日签字日期：年月万方数据摘要单核酸多态性(SNPs)不仅提供了丰富的遗传变异信息，而且它对于进一步遗传信息的分析是至

3、关重要的。Atlas2是SNPs分析的高效可行性工具，它主要用于区分出来自于全外显子组捕获测序(wecs)数据和错误的Mapping中真正的SNPs和碱基插入缺失项。本文旨在SNPs分析网站的构建研究，针对SNPs的分析设计出一种通过用户上传所需分析的数据能够自动生成数据分析结果的平台，并且同时达到分析速度的快速性与分析平台的稳定性的双重要求。本文的核心是以Atlas2算法为基础，基于JAVAWEB开发SNPs分析平台网站，使得网站可以在线进行SNPs分析。在系统网络层面架构设计中，本地负载均衡方案，采用了开源解决方案LVS+Keepalived，提高了系统的可用性。缓存层

4、采用Squid，管理灵便，使用平稳，提供快捷方便的接口配置。应用层采用了开源技术方案ssh2+ehcache+nginx+jboss，使用了ehcache集群方式，减轻了数据库层的访问压力，提升了并发及负载能力。文件服务器采用主流开源解决方案FastDFS，可以很好地应用在以文件为载体的在线服务。数据库层采用了主流开源解决方案Mysql，开源框架Mycatdatabase，集群采用Mycat的master-slave的replication和读写分离方案。在前段页面的设计上，使用了有着良好的代码规范的Bootsrap框架，使页面更加简洁紧凑。关键词：SNPs，JAVAWEB

5、，网站开发，网络架构设计万方数据AbstractSinglenucleotidepolymorphisms(SNPs)provideabundantinformationaboutgeneticvariation,anditiscrucialforfurthergeneticanalysis.Atlas2isaefficientfeasibilityofSNPsanalysistoolwhichspecializingintheseparationoftrueSNPsandinsertionsanddeletions(indels)fromsequencingandmapp

6、ingerrorsinWholeExomeCaptureSequencing(WECS)data.ThepurposeofthispaperistostudythewebsiteconstructionofSNPsanalysis,ThustodesignadataautomaticacquisitionplatformforSNPs,aimtoachievetherapidityofanalysisspeedandthestabilityoftheplatform.Inthispaper,SNPsanalysisplatformhasbeendevelopedbasedo

7、ntheimprovedAtlas2andJAVAWEB,enabledtheAtlas2programanalysesSNPson-line.Insystemnetworklayerarchitecturedesign,localloadbalancesolution,adoptedtheopensourcesolutionsLVS+Keepalivedtoimprovetheusabilityofthesystem.BufferlayerusingSquid,flexibleallocation,stableo