mirna-122a靶基因预测及生物信息学分析

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1、miRNA-122a靶基因预测及生物信息学分析蒋永容Δ，陈川Δ，张志敏，郑继军、许文，罗美林，杨雪琴，戴楠，李梦侠，李增鹏，王东，王阁*（第三军医大学大坪医院野战外科研究所肿瘤中心，重庆400042）[摘要]目的利用基因芯片技术分析肝癌HepG2细胞中miRNA的表达，并对高表达的miRNA-122a及其靶基因进行预测及生物信息学分析，为以miRNA-122a为靶点的基因治疗提供理论和实验基础。方法利用基因芯片技术检测肝癌HepG2细胞和正常肝上皮LO2细胞中miRNA-122a表达水平，通过生物信息学预测miRNA-122a的

2、靶基因，并对其靶基因进行功能富集分析（GO-Analysis）、信号转导通路富集分析（Pathway-Analysis）和蛋白质相互作用网络分析。结果与LO2细胞比较，miRNA-122a在肝癌HepG2细胞中呈低表达。miRNA-122a预测靶基因有1104个，其靶基因集合功能分别富集在碳水化合物生物合成、核苷酸代谢、细胞因子受体结合、细胞周期等生物学过程（P<0.001）；信号转导通路显著富集于JAK-STAT信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号通路、ErbB信号通路、细胞周期等信号转导通路（P<0.001）。结论miRN

3、A-122a在肝癌HepG2细胞中呈现低表达，miRNA-122a预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。关键词：miRNA-122a；基因芯片；靶基因；生物信息学中图分类号：[基金项目]国家自然科学基金面上项目（30901764，30973457）；第三军医大学大坪医院野战外科研究所“1135”优秀人才工程专项基金SupportedbytheNationalNaturalScienceFoundationofChina(30901764，30973457），theExcellentTalent“1135”proje

4、ctofInstituteofSurgeryResearchandDapingHospitalofThirdMilitaryMedicalUniversity[作者简介]蒋永容（1982-），女，重庆市人，硕士研究生，主要从事肿瘤DNA损伤修复的研究。陈川（1982-），男，重庆市人，博士，主要从事肝癌放射治疗。Δ同等贡献者[通讯作者]王阁，电话：（023）68757171，E-mail：wangge70@hotmail.comBioinformaticsAnalysisandPredictionofmiRNA-122aTarg

5、etGenesJiangYongrong，ChenChuan，WangGe，ZhangZhimin(CancerCenter，InstituteofSurgery-10-Research，DapingHospital，ThirdMilitaryMedicalUniversity，Chongqing,400042)[Abstract]Objective:ToinvestigatemiRNAsexpressionpatterninHepG2cellline,andfurtherpredictandbioinformaticsanal

6、yzethetargetgenesofmiR-122atoprovidetheoreticalandexperimentalbasisforgenetherapy.Methods:TheexpressionlevelsofmiRNA-122ainhepatocellularcarcinomacell(HepG2)andnomalliverepithelialcell(LO2)weredetectedusinggenechiptechnology;bioinformaticsanalyzetargetgenesofmiRNA-12

7、2ausingenrichmentanalysis(GO-Analysis),signaltransductionpathwayenrichmentanalysis(Pathway-Analysis)andproteininteractionnetworkanalysis.Results:TheexpressionofmiRNA-122awassignificantlyreducedinHepG2cellcomparedwiththeLO2cell,andthenumberofitstargetgeneswas1104.Thef

8、unctionofitstargetgeneswasenrichedincarbohydratebiosynthesisprocess,nucleotidemetabolism,cytokinereceptorbinding,cellcycleandotherb